胎龄12周时，羊水中已有胆红素。这是由胎儿气管和支气管树分泌到羊水中的未结合胆红素。胎儿靠胎盘供应血和氧气，但是体内为低氧环境，必须有更多的红细胞携带氧气供给胎儿，才能满足胎儿的需要。因此胎儿红细胞破坏后产生的未结合胆红素，极大部分通过胎盘到母体循环中去清除，故新生儿刚出生时都无黄疸。
出生后，新生儿必须用自己的肺呼吸直接获得氧气，体内的低氧环境得到改变，红细胞的需求量减少，于是大量的红血球被破坏，分解产生未结合胆红素。新生儿必须自己处理血红蛋白的代谢产物——未结合胆红素。但这时新生儿的肝功能不完善，酶系统发育不成熟，葡萄糖醛酰转移酶在足月儿要3～5天、未成熟儿要5～7天才成熟，不能把过多的胆红质处理后排出体外，只能堆积在血液中。这种胆红质象黄色的染料一样，随着血液的流动，加诸各种新生儿胆红素代谢特点，把新生儿的皮肤和巩膜染成黄色，就发生新生儿生理性黄疸。
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