CPAP呼吸机一个最大的挑战之一就是很多人使用呼吸机睡觉时感觉不习惯。经加压空气通过鼻子进入你的呼吸道，这样大多数人感觉不是很舒服。一些使用CPAP呼吸机的患者引发了鼻炎（鼻通道的方式发炎）以及经历过流鼻涕等。
费用是呼吸机的另一大挑战，睡眠呼吸暂停呼吸机对于没有全额医疗保险费用的患者来说，其费用是相当高的，有的动由几千美元。同时便携性也是一个问题，试图将呼吸机带上飞机一起旅行，随身携带的行李被占据了大量的空间，还有可能在过安检时带来不少的麻烦。如果您尝试把机器进行托运，又可能会损坏。
一些费用稍微低点的机型，其质量不是很耐用，而且可能会产生很大的噪音。
