2011年8月6日，东直门医院与通州区中医院签订合并协议，通州区中医院正式挂牌“北京中医药大学东直门医院东区”，标志着东直门医院成为第一家落户通州新城的中医三甲医院，两院将实行一个名称、一个法人、一套行政班子、总院长负责制的同一家医疗机构的实质性整合。通州区也就此结束了没有三甲医院的历史。
此次合作是两院认真遵照中共中央、国务院《关于深化医药卫生体制改革的意见》、《公立医院改革试点的指导意见》和《2011年公立医院改革重点工作》文件精神，积极践行北京市提出的“医疗资源配置跟人走”的医改思路的一项重要举措，也是通州国际新城建设的迫切需求，以实现通州区经济社会的和谐发展，得到了国家中医药管理局、北京市政府、北京市中医局、通州区政府的大力支持。
仪式当天，国家发展改革委副主任、国务院医改办公室主任孙志刚，卫生部副部长、国家中医药管理局局长王国强、北京市副市长丁向阳出席签约揭牌仪式并讲话。孙志刚，丁向阳为北京中医药大学东直门医院东区揭牌。
此次两院合作突破财政、编制、人事归属等多种限制，打破常规，实行“管办分开、政事分开；一院两区、统一管理；资源共享，业务整合”的合作模式，两院将在人力资源、医疗、科研、教学等方面实施广泛合并重组，资源共享，平台共用，但两院仍保持资产归属不变，所有权与经营权分离，形式灵活，政策分明，给医院发展带来无限活力。
据了解，目前东直门医院东区占地面积6.8万平方米，一期建筑面积3.5万平方米，病床460张。规划二期将建设集病房楼、中医国际医疗部为一体的综合楼，建筑面积为5万平方米，并建设近3万平方米的科研、教学综合楼。预计总床位达到1000张。二期工程预计在“十二五”期间完成并交付使用。东直门医院东区将通过对接西区优质的医疗资源，依托充足的发展空间和深厚的发展潜力，努力在短时间内实现跨越式发展。预计在2-3年内，使东区医疗服务能力增长1倍，打造国家中医药管理局重点专科3个。5年内，医疗服务能力增长3倍，打造国家中医药管理局重点专科7个。计划在“十二五”末，东直门医院东西两区在医院管理、医疗技术水平、科研、教学方面完全融合，达到一致和同步发展，综合实力将在全国中医行业名列前茅，让通州区百姓在家门口可以享受到全国知名专家的诊疗服务，真正做到利民、惠民、更便民。
