日本是全球第二大药品市场，也是生物医药领域的后起之秀。如今，日本在生物医药领域世界排名第3位，仅次于美国和德国。不过日本的生物医药发展路径同中国、印度等在此领域起步较晚的国家的路径别无二致。
起初，日本生物医药发展同样是走研发外包—仿制药—合资研发自主研发新药的路线，并且这种路线延续了几十年，随着日本政府对生物医药的重视，把生物医药作为其经济增长点的国家战略时，仿制的路线才有改观，而推动这一转型的是前日本首相小泉纯一郎。
2004年12月，由日本首相小泉纯一郎牵头的“生物科技战略会议”已出台日本生物工程发展战略大纲，该战略的支柱是大幅度增加国家对生物技术研发的投资。日本用于生物技术研发的费用为4400亿日元。此外，日本对转基因食品，生物新药和人造器官等生物技术有严格的管理制度和审查标准，对新药的审查时间是欧美国家的2倍，日本产业界对此表示不满，呼吁政府放宽对生物产品的管制，缩短审查时间。
目前，他们所采取的不是全方位发展战略，而是根据自身优势，集中资源，推动本国生物医药产业的发展。
资料显示，2003年财政预算中，有5千亿日元与生物技术的研发相关；除了政府预算外，47%的科研基金也被用于生命科学项目。通过“科学技术基础计划”加大对研究开发的投入。除财政拨款外，税收鼓励机制对于生物医药产业创新也非常重要。近年来，政府完善了税收抵免政策，有力地支持了生物医药产业的发展。“科学技术基础计划”极大地促进了公共研究机构（包括大学）的研究成果商业化、市场化，形成现实生产力。商业化形式很多，公共研究机构可以以专利技术来组建新公司，也可以加强与企业的合作研究；鼓励在大学建立联合研究中心，以此作为促进产学研合作的平台，使知识与产业需求相结合，提高生物医药产业的创新能力，最终转化为现实生产力。
日本的生物医药创新政策显示出“独立发展原则”的特点，这与美国发展的网络型研究体系不同。美国的网络型研究体系倾向于公司和大学参与；而日本的研究体系过于集中于大型企业，与大学的联系相对较少，导致大学只注重基础研究，而一些小企业又很难得到风险投资的支持，因而日本企业与大学联合发展的战略氛围一直没有形成。
同时，日本政府不仅在财政与立法上予以药物开发各项帮助，也积极协助国际专利的取得。2002年年初，教育、文化、运动及科技等部的官员宣布组成一个专家团队，协助取得蛋白质研究与特定新药开发专利。为了确保日本后基因时代的竞争优势，该团队将由相关技术的研究员和熟悉知识产权、国际专利事务的律师组成，旨在使未来的研究者能够更专注其研究主题，并增加国际专利数目，以增进其竞争优势。
