胚囊移植是将胚胎在实验室中培育到胚囊阶段，通常胚胎在达到胚囊阶段后都会孵化。大部分医院在第三天进行胚胎移植。在特定情况下，医生将胚胎培养至胚囊阶段，然后再移植到子宫中。那么，试管婴儿中为什么要选择囊胚移植呢？
首先，胚胎在囊胚期有(第5或6天)被移植进入子宫，是更符合人体的生理情况的。
自然受孕时，胚胎受孕后第4天，就要开始从输卵管向子宫跑了。在6-7天植入，那时候子宫提供了一个富有营养的子宫内膜，相当于给初来乍到的胚胎宝宝准备了温暖的小窝，吸引宝宝在子宫里安顿下来。
所以移植的囊胚能留下来的机会变得更高。若是第3天的卵裂期胚胎突然闯入了，还没准备好的子宫可能会有些压力，也许会使胚胎种植潜能降低一些。
其次，能发育到囊胚的胚胎都更“优秀”。
第3天看起来还算“俊俏”的卵裂期胚胎，其实有不少是一些染色体异常或嵌合型的胚胎。对染色体异常的胚胎，子宫会拒绝它们种植，所以这些“歪瓜裂枣”的胚胎会有80%-90%的机会种植失败。当然，到第5或6天的囊胚培养不能完全杜绝这些“歪瓜裂枣”的胚胎混进去，但至少可以筛选掉一些。
有研究证实，在大于36岁的妇女病患群体中，囊胚培养可让D3中59%的染色体异常率降低到D5的35%。这也说明了囊胚种植潜能不仅较高，而且能转化成较高的活产率。这样，生出一个健康宝宝的梦就更接近了。
最后，囊胚移植的高种植率和活产率使得医生和患者更愿意选择单胚胎移植，在累积妊娠率不降低的情况下，极大地降低了多胎率和多胎带来的孕期和围产期的风险。多胎妊娠对孕妇和胎儿都是一个负担，妊娠期心脏病、羊水栓塞、子痫前期、妊娠期糖尿病和产后出血的发生率都会升高。
总之，囊胚移植既可以增加怀孕的机率，同时降低多胎妊娠的风险，这样只需转移一个囊胚就能达到可接受的妊娠率。然而，也还有个别临床情况可能会导致建议转移两个以上的囊胚。因此，关于移植的胚胎数量的最终决定仍将是移植当天患者和医生之间的共同决定。
