公立医院治理机制是关于政府、公立医院以及公立医院管理者之间的职责、权利和义务的制度化的安排，其核心问题是政府与公立医院的委托代理关系，基本架构由权力、决策、执行和监督四个层次构成，这四个层次相互独立，使出资者、决策者和经营者之间职责合理配置，建立起权力制衡和监督激励机制才能保证公立医院在体制和机制上有序发展。在公立医院改革进程中，治理机制改革对补偿机制、监管机制，甚至管理体制和内部运行机制都有着重要影响。治理机制改革意味着公立医院与管理部门各自承担权利与责任的改变。
中国医学科学院卫生政策与管理研究中心代涛等人在在《中国医院》杂志2011年第7期发表了《公立医院治理机制改革的国际经验与启示》文章。文章介绍了国际上公立医院治理机制改革的主要做法，即自主化、公司化和民营化。分析治理机制改革的主要特点，即转变政府职能、合理划分政府与公立医院权责关系；以法人治理形式，实现公立医院所有权、决策权和经营自主权分开；组建代表政府履行出资人职责的办医主体，由多方利益相关者共同参与；组建医院集团，整合医疗资源。
据此，文章提出对推进当前我国公立医院治理机制改革的几点启示，即公立医院治理机制改革模式的选择受政治、经济、社会环境及政府治理能力的影响，但公法人治理更适合公立医院的本质特征；建立清晰的治理结构链条，形成有效的多方权力制衡机制；加大公立医院经营自主权的同时，也要加强政府及其出资人代表的监管和评价职能；谨慎对待公立医院产权制度改革。
