阴道镜检查前病人不需进食，灌肠或剃毛，也不需麻醉。
阴道镜的组合包括一个低倍数的立体双眼显微镜，一个中央照明设备，一个可以移动、升降的架座。一般最实用的放大倍数是 8 – 18 倍。绿光滤波器 (green filter) 则置于光源和组织之间，主要的目的是为了强调子宫上皮血管的变化及色泽在正常和不正常间的对比。
检查时病人躺在内诊台上，双脚放松张开，会阴部及阴道不需特别消毒。医师将俗称鸭嘴的阴道窥视器放入阴道，将阴道撑开，以肉眼及低倍镜观察外阴部及阴道是否有发炎，溃疡，HPV感染或异常分泌物。
小心将子宫颈显露出来，以免子宫颈上皮被磨擦掉。找到鳞状上皮与腺体柱状上皮间的转换带 (transformation zone) 或 SCJ，视情况需要重覆一次抹片。
将阴道镜在体外对准子宫颈，透过放大作用来诊断子宫颈的病情。子宫颈上若沾有黏液或分泌物，可以用棉枝沾生理食盐水将之抹去，以免影响检查。
由低倍镜开始检视子宫颈，观察它的色泽,注意有无任何肉眼可见的病灶，特别脆弱处或溃疡。接著，转成高倍镜检视血管形态。
为了显示病灶，用棉枝沾取 3 – 5 % 醋酸溶液，涂抹在子宫颈及上段阴道，并停留至少 30 秒，醋酸停留的时间愈长，其所凝结的蛋白质愈多，愈容易看到病灶。此时继续以低倍镜检视子宫颈，若转换带可完整看到，这个阴道镜检查便属满意的 (satisfactory)。涂抹醋酸时病人会有一点轻微酸辣的感觉，但十分短暂。 找寻acetowhite epithelium及atypical vessels,mosaicism,punctation等病灶，找寻acetowhite lesion的内缘及外缘，其内缘应仅止於SCJ。
继续以绿光滤波器 (green filter) 检视子宫颈，可以更轻出看出 acetowhite lesion的边界或异常血管。
接著在阴道镜目视下进行子宫颈管扩括术 (ECC)，将括匙放在SCJ以内，有系统地搔括大约两公分长的子宫颈管。然后，以镊子夹取此时聚集於子宫外颈的黏液，凝固血液及子宫内颈上皮组织，将之送病理检验，这种手术不需麻醉，病人只感觉有一点酸痛，时间很短暂。
做完ECC之后再以醋酸清洗子宫颈，在阴道镜目视下进行切片，切片的数量视病灶数目及大小而定。阴道镜下进行的切片手术，夹取的组织很小，病人不需麻醉，伤口也很小，只有一点酸痛。
为了伤口止血，有时会在阴道内塞一块纱布，病人晚上沐浴时即可取出。
将阴道镜的发现，包括SCJ的位置及病灶位置清楚标示在报告上，切片处并以 "X" 表示。
