《方案》要求，全面落实政府对县级公立医院符合规划的基本建设及大型设备购置、重点学科发展、人才培养、符合国家规定的离退休人员费用，政策性亏损，承担公共卫生任务和紧急救治、支边、支农公共服务等的投入政策。推进县级公立医院去行政化，到2014年年底，县级卫生计生行政部门负责人一律不得兼任县级公立医院领导职务。合理控制县级公立医院床位规模和建设标准，禁止举债新建医院或举债购置大型医用设备。
《方案》指出，县级公立医院配备使用药品不低于国家基本药物目录（含省增补）规定品种的80%，基本药物费用比例不低于药品总费用的35%。县级公立医院取消药品加成后减少的合理收入，通过调整医疗服务价格、增加财政补助和医院节约运行成本等办法解决。调整医疗服务价格补偿要达到80%左右，医院通过内部挖潜分担5%左右， 15%左右由各级财政补助解决。
《方案》要求，落实县级公立医院用人自主权，新进人员实行公开招聘。建立公立医院薪酬制度，完善收入分配激励约束机制。加快推进住院医师规范化培训制度建设，到2020年新进入县级公立医院的医生必须经过住院医师规范化培训。
《方案》要求，推动分级诊疗制度建设，建立县级公立医院与基层医疗卫生机构之间便捷、畅通的转诊转院通道，县级公立医院要为基层转诊患者提供优先就诊、优先检查、优先住院等便利。力争2015年年底实现县域内就诊率达到90%左右的目标。
