方案规定，各地要在上述病种的基础上，结合本地实际，制定各级各类医疗机构的分级诊疗病种。符合分级诊疗病种诊断的新农合患者，原则上只能在参合地相应级别的定点医疗机构就诊。执意要求转诊并经过医疗机构、新农合管理机构审批同意的分级诊疗病种患者，2015年新农合资金按照该病种在转出医疗机构定额标准的50%报销，2016年按照20%的比例报销，2017年不予报销。未按规定办理转诊手续，擅自外出就诊患者，新农合资金不予报销。外出务工、长期在参合地以外居住或在参合地以外急诊入院的参合患者，不得越级到省级、市级医疗机构就诊，可以在参合地以外相应级别的新农合定点医疗机构就诊，补偿参照参合地相应级别定点医疗机构的标准执行。
方案规定，县级医疗机构将签约服务范围内病种向外转诊的，每外转一例病例扣减1000元新农合补偿资金；乡级卫生院（社区卫生服务中心）每外转一例病例扣减300元。各地要不断完善并严格执行双向转诊制度，本级诊疗病种原则上不得向上一级医疗机构转诊。分级诊疗病种外，确属本级定点医疗机构不能救治，需向上一级医疗机构转诊的病种，要严格执行向上转诊制度。属于新农合重大疾病范围的病种向上转诊，要按照重大疾病相关政策规定执行。
