中国医药企业管理协会会长于明德认为，医药产业作为快速发展的朝阳行业，在产业内部进行较大力度的结构调整并无必要，此次新目录的公布是对上一版目录的细化和微调，当对于发展迅速的原料药产业进行限制也符合国际国内经济发展的大趋势。
此次产业结构调整目录的发布对产业的影响究竟有多大是备受关注的焦点，而一些国有大型制药企业的发展战略中，也已经显露出国家调整产业结构的痕迹。
国药集团董事会秘书、新闻发言人石晟怡谈到，国药今后的发展规划和策略，除了在医药分销领域继续向地、县扩张和完善网络，做好并购后的集团内部业务板块整合，做实、做深、做透分销物流一体化运营平台以外，还将重点发展工业和科研板块业务，整合发展生物板块，为集团长远发展夯实基础。而华药总经理张千兵则表示，“十二五”是华药实现全面振兴的关键时期，华药除了继续保持包括头孢类抗耐药菌抗生素、抗肿瘤药物、抗病毒药物的市场优势外，还确定了现代医药物流建设的发展战略。
对此，于明德认为，尽管产业结构调整目录是指导性的，不是强制性的，但仍有较强的行政约束力。对于不参照政策执行的，政府可采取的调控手段非常丰富，利用政府掌控的资源可以实现调控目标。
相对于宏观产业政策，于明德认为，这类指导性目录针对性更强，相比此前的目录，新目录不再粗放地对某个产业的全部领域给予扶持，对某个产业中的产品有支持也有反对，这些都以是否符合持续发展和科学需求来评价，更加科学，更具指导意义。
对于新目录给医药领域带来的机遇和挑战，中投顾问医药行业研究员郭凡礼认为，机遇主要体现在生物医药方面。目前，生物医药产业已经成为七大战略性新兴产业中的重要一环，而中小企业则充满挑战，一旦实施比较严格的产业结构调整，那么前些年“一窝蜂”上马的中小型医药企业将面临被淘汰的命运。
由于发达国家医药产业发展已比较成熟，行业集中度非常高，因此，对医药产业的发展并无过多的调控政策，而我国现在依然坚持以市场调节和政府引导相结合的产业发展政策，这也与目前国内医药行业发展的整体格局依然处于初级阶段有关。
于明德对此也表示认同，医疗器械并指出这种政府主导的产业规划是我国经济发展阶段性的手段和方法，今后一定不会一直采取这么详细和具体的指导性意见，随着产业的成熟、市场经济的完善，规划产品会越来越少。
新目录在鼓励发展产业部分的中医药产业大类下，调整了2005年版的21种小分类，改为8种分类，但在新药、新生物制品、新中药、新包材、新医疗器械几个大的品类下对新产品和新工艺进行了细化描述，并增加了“基本药物质量和生产技术水平提升及降低成本”这个分类，呼应了新医改中推行的基本药物制度。
此外，在鼓励类产业目录部分，在第29类现代物流业中明确列入“药品物流配送（含冷链）技术应用和设施建设，药品物流质量安全控制技术服务”；在第33类商贸服务业中，明确列入“面向农村的日用品、药品、出版物等生活用品连锁经营及食品药品安全快速检测仪器”等内容。由此可以看出，政府更加重视依靠现代技术推进我国药品流通的改革与升级，并将继续加强基层药品供应保障。
在限制类产业工艺与产品目录中，新旧版呈现的差别较大，体现出我国医药产业近年来的发展特点，原料药产业领域的迅速发展尤其突出。
从限制类产业目录来看，2005年的目录中有维生素C原料项目等10个类别被限制生产，限产类别描述总字数约174字；而在新目录的医药类产业限制项目中，新建维生素C、维生素B1、维生素B2、维生素B12（综合利用除外）、维生素E原料、新建青霉素工业盐、6－氨基青霉烷酸（6－APA）等一大批原料药生产被限制，限产类总体描述达到468个字。这凸显了在我国经济向资源节约型和环境友好型、可持续发展模式转变的过程中，环保成本高、附加值偏低的大宗原料药确实不需要再新增产能。idxdy0003
