PET/CT在疗效评价中的应用是肿瘤科医生最为关心的问题之一。医疗器械专家表示，单纯依靠判断肿瘤的大小来评价疗效并不全面，而应该将评价过渡到功能影像学，即分子影像学水平。例如胃肠肿瘤细胞糖代谢减低与疗效水平相关，PET/CT等分子影像学技术设备可更早地发现治疗后肿瘤组织的这些代谢变化，从而可对肿瘤治疗的早期疗效作出及时评价。并且，它可无创性地同时评估多个病灶、进行前后对比等。因此，这类设备在肿瘤疗效评价及预后预测方面有很好的发展前景。
对于分子影像学技术在肿瘤诊治中的作用，医疗器械专家解释说，肿瘤的恶性浸润、治疗逃逸、治疗后复发、远隔转移和系统改变5大生物学行为，都可通过分子影像学技术显示出来。“实际上，分子影像学技术可使肿瘤病变的生物特征可视化，从而可帮助临床对疗效进行评估，并可作为预测疾病转归的在体分子诊断方法”。
然而在医疗器械专家看来，PET/CT在消化道肿瘤疗效评价中也有一定局限性，例如炎症导致的假阳性结果，有些患者在术后发生炎性肉芽肿性改变或纤维化所构成的葡萄糖高代谢等，其程度和持续时间可能比传统理念（1个月）更长，这种情况会给PET/CT对术后复发或转移的监测造成混淆。
另外医疗器械专员认为，PET/CT检查价格昂贵，目前还未列入我国医保报销范围，因此，很多临床医生会问：“哪些患者有必要进行PET/CT疗效评估？”对此医疗器械专员说到，老年人、肿瘤负荷量大以及化疗耐受性差三种情况，可作为临床医生判断是否选择价格昂贵的PET/CT技术对疗效进行评价的依据。因为对这三类患者而言，如果不及时控制肿瘤，就可能很快丧失进一步治疗的机会。
对此医疗器械专家们认为，PET/CT技术在肿瘤疗效评价中的监测时间频度与标准，标准摄取（SUV）值在预后预测方面的临床应用价值，PET/CT技术在复发早期诊断上的应用等，都将成为这一领域的研究热点。
