需要清洁的呼吸机部件：按呼吸机说明书的要求，有些部件仅需清洁，而有的允许清洁，这些部件主要包括以下几种。
呼吸机的主机外壳和压缩泵的外壳，用清洁的软湿擦布轻擦净即可，每日1次或隔日1次。必要时用消毒液如含氯制剂消毒液浸泡过的软布擦洗。
空气过滤网，包括空气压缩泵和有些呼吸机主机中可清洗的空气滤网。具体清洁方法为：将过滤网从机器中取出，用清水洗净表面尘埃后，再用力甩干或烘干；或者用吸尘器吸尽灰尘，然后放回原位。一般每48-72小时清洁1次，无需常规消毒。
呼吸机内部不可拆卸电子元件，其表面的灰尘可用小功率吸尘器轻轻吸除或用专用吸球轻轻吹气去除，不能用消毒液浸泡。
传感器如流量、压力等各种传感器为呼吸机的特殊电子零件，不能用水冲洗也不能用消毒液浸泡，以免损坏其性能，因而只能用70%的洒精棉球十分小心地轻轻擦干净或有的传感器只能轻轻浸放在清水中，即刻取出，并自然晾干，切忌用力甩干或烘干。
湿化器的电器加温部分和温控传感器探头的金属部分用清洁的软湿擦布轻轻擦净，不能用消毒液浸泡，以免影响加热功能和降低其感温的准确性。
需要消毒的呼吸机部件：凡是联接于患者与呼吸机之间的各螺纹管、联接管、接头、湿化器、雾化器和呼气瓣等均应彻底消毒。
首选，化学消毒浸泡法 临床上常用的消毒液，如0.5%过氧酸溶液浸泡2小时可杀灭细菌、真菌和病毒，该消毒液的主要缺点在于它对金属有腐蚀性；2%二醛碱性溶液浸泡30分钟，可杀灭真菌、病毒、结核和芽胞，是目前最高水平的消毒液，其缺点是对皮肤、粘膜有轻度的刺激性，有气味；2%96（84）消毒液浸泡30分钟，呼吸机管道上冷凝水排出后用2.5%96（84）消毒液按1：1浸泡1小时。
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