在内镜治疗后，专家建议第一年每 3 个月随访一次，第二年每 6 个月随访一次，第三年以后每年随访一次。此外，研究发现内镜下冷冻疗法及光动力疗法对于食管腺癌也是有效的，但关于患者结局的数据仍然较少。
（2）食管切除术
对于浅表食管腺癌而言，手术并非常用治疗方式，但在某些情况下仍需考虑。例如，对于继发于食管狭窄及蠕动停止的食管通过功能不良的患者，使用内镜治疗后食管功能可能仍不能恢复，在这些情况下食管切除术既可切除肿瘤也可较好的恢复食管功能。值得注意的是，三分之一的患者食管切除术后可出现肺部感染、伤口感染及吻合口瘘等并发症。
2. 局部晚期腺癌
在美国，局部晚期腺癌的治疗主要包括新辅助化疗以及体外放射治疗。一项 meta 分析的结果显示，相对于仅进行手术治疗，在手术前进行体外放疗可以改善患者的总生存时间。大部分不可治愈的食管腺癌患者只行手术治疗以缓解吞咽困难及改善生活治疗，但支架的出现使得上述手术大大减少。
（1）食管切除术
在局部晚期食管腺癌的治疗中，有多种食管切除术术式可以选择，但各有优劣。
Ivor-Lewis 食管切除术包括腹部和右胸部切口，在切除病变食管后收集淋巴结，随后在胸腔内进行食管胃吻合术。此方法的优点在于可以对收集的淋巴结进行组织学上的评估，以及可较好地暴露病变。
经裂孔食管切除术的包括左颈部和腹部切口，首先通过腹部切口钝性分离食管，随后通过颈部切口进行吻合术。此手术可以避免进行开胸手术，但也造成了肿瘤部位暴露不足的等问题。
食管癌三切口手术使用了剖腹术、开胸术以及颈部切口，使得腹部及胸部的淋巴结切除较彻底。此时，颈部的吻合手术常在左侧进行，减少了喉返神经的损伤。
微创性食管切除术是现今最常用的方法，胸腔镜和腹腔镜的使用可以达到切除病变食管的目的。临床研究发现，其优点为术后恢复快以及可以收集足够多的淋巴结进行病情评估。
尽管新辅助治疗可用与局部晚期腺癌患者，但预后并不理想。研究发现接受体外放射治疗患者的中位生存时间为 16-49 月，3 年生存率为 32%-59%。上述结果促进了新化疗药物的发展，如靶向药物。早期临床试验发现，雷莫芦单抗可用于胃食管连接处和胃癌挽救治疗。
3. 不宜手术的患者
对于不能进行手术治疗的晚期肿瘤患者而言，化疗或放化疗是主要治疗方式。然而，化疗或放疗患者 5 年生存率低于 15%。在这些患者中，包含放化疗的多模式治疗优于单独的放射治疗，可平均增加患者 4 个月的生存时间。
内镜治疗在缓解晚期食管腺癌患者的病情重起重要作用，使用气囊或探条扩张食管可以暂时缓解吞咽困难症状。此外，通过切除术、热疗、冷冻疗法及光动力疗法也可改善患者的生活质量。
随着内镜技术的发展，内镜下支架放置变得越来越简单。对于晚期腺癌患者而言，支架放置可显著地改善患者吞咽困难症状。然而，放置支架并不能增加患者的生存时间。此外，患者和医生必须熟悉放置支架的副作用，主要为支架移位、胸痛以及支架损伤血管等。
