《指导意见》充分考虑了食品药品检验检测的专业性和技术性，按照优化配置资源、提升能力水平、保持检验检测体系的系统性的指导思想，确定了“到2020年，建立完善以国家级检验检测机构为龙头，省级检验检测机构为骨干，市、县级检验检测机构为基础，科学、公正、权威、高效的食品药品检验检测体系，充分发挥第三方检验检测机构的作用，使检验检测能力基本满足食品药品监管和产业发展需要”的总体目标。
《指导意见》提出了食品药品检验检测体系“四三二”的层级架构模式，即食品（含保健食品）检验检测体系重点支持建设国家、省、市、县四级检验检测机构；药品化妆品（统称药品）检验检测体系重点支持国家、省、市三级检验检测机构；医疗器械检验检测体系重点支持建设国家、省两级检验检测机构；明确了各层级检验检测机构的功能定位，强化了检验检测体系服务食品药品监管的核心职能，突出了检验检测机构的公益性属性。部署了落实改革任务、强化硬件保障、加强人才队伍培养、完善制度体系、提升检验检测科研能力、推动检验检测信息共享六项重点任务，建立完善了统一认识、加强领导，明确机构、落实责任，统筹协调、形成合力，加强考核、促进发展四项保障机制。
《指导意见》的制定发布，标志着总局食品药品检验检测体系的顶层设计已初步完成，为进一步加强食品药品检验检测体系建设，提升检验检测能力，服务食品药品监管奠定良好基础。
