根据方案，未来南京的优质医疗资源将以“走出城门、跨过长江”的发展导向，引导优质基本医疗资源向城市新区和资源薄弱区集聚。其中，老城区将严格控制医疗机构数量和规模，严禁新建扩建大型综合医院和专科医院。“十二五”期间，河西新城建成市儿童医院河西医院；将建邺医院并入市第一医院，建设南京心血管病医院；南部新城加快完成南京市中医院迁建扩建工程；江宁区建成南京医科大学明德医院；栖霞区发展好鼓楼医院仙林医院；浦口区加快建设南京医科大学桥北医院等。
公立医院管理体制改革是重头戏。南京明确“政府办医”责任，将建立以公益性为核心的公立医院绩效考核管理制度和评价机制，统筹推进管理体制、补偿机制、价格机制、监管机制等综合改革。逐步建立现代医院管理制度，探索建立公立医院法人治理结构。
南京将同步建设电子病历资源数据库、健康档案资源数据库、医学专业知识库等，推进居民健康卡与市民卡的深度融合，实现卫生与医保、药监、计生、公安、民政等部门的信息共享交换，建立跨系统的区域卫生信息系统。到2020年，医疗智能化服务覆盖率达95%以上。
