截至2013年，我国有县级医院1.16万家，占医院总数的47%；诊疗人次达9.24亿，占医院总诊疗人次的34%；入院人数为0.65亿，占医院总入院人数的46%。据2013年新农合数据显示，县域患者外转率超过20%，距实现县域内就诊率90%左右的目标仍有差距。这表明县级医院能力与其承担的医疗服务、功能定位仍不匹配。
方案提出，2014年～2017年，在全国县级公立医院综合改革试点县中，遴选具备一定基础和较高医疗服务能力、医疗技术水平的500家县级医院，提升其综合能力。医院运行指标中，县级医院出院患者平均住院日应不高于8天，收治病种数量高于2000种，开展手术及操作种类多于400种，入出院诊断符合率高于95%，术前诊断与病理诊断符合率不低于98%，住院患者微创手术比例不低于20%；县级中医医院出院患者平均住院日应少于12天，入出院诊断符合率高于95%，开展中医医疗技术种类数量高于60种，中药饮片处方比应不低于30%。
方案强调，县级医院要从临床的薄弱专科、核心专科、支撑专科、优势专科等方面加强建设，健全内科、外科、妇产科、儿科、口腔科等一级诊疗科目，逐步开设独立的心血管内科、内分泌科、骨科、神经外科、妇科、产科、儿科等二级诊疗科目，提升外科手术、重症医学科、血液透析和腹膜透析服务能力以及医院感染控制水平，使县级医院诊疗病种覆盖面更广。
