当前医院思想政治工作存在的问题表现如下：
一、医院思想政治工作的地位一度被削弱。
医院由于体制关系和生存的需求，在经济效益和社会效益之间，一般倾向于经济效益，在重视经济效益的同时，忽略了职工的思想政治教育。医院思想政治的地位在医院改革和发展中一度被削弱，导致部分医务人员医德失范，医患信任度下降，矛盾上升。凸显了少数医务人员道德观念和价值观朝着多元化发展，“红包”“回扣”等不良现象，严重损坏了医院和病人的利益。
二、人事、分配制度等改革带来职工思想观念的变化。
随着新医改方案的落实，人事、分配制度的改革，专业技术人员评聘分开，内部利益的调整，改变了一些人的价值观、人生观、世界观，使他们对前途信心不足，对医院思想政治工作产生了怀疑。
三、“公益性”“趋利性”的思想观念冲突。
新医改重点强调“公益性”，以保障人民健康为中心，这样势必会触动某些人的利益，加上社会一些不良思想的影响，造成职工心理上的失衡，影响正常的工作。这种不正之风虽然发生在少数人身上，但容易在职工中蔓延，其影响力和破坏力极大，给医院思想政治工作的有效开展带来极大困难。
新医改形势下的思想政治工作面临的问题较以前更多更复杂。如何立足工作实际，实现思想政治工作由“虚”到“实”，从被动向主动转变，这就需要医院思想政治工作不断加以改进。
首先，除强化“以病人为中心”的服务理念外，还应牢固树立“以职工为主体”的科学管理理念。医院是知识密集型的单位，医护人员属于知识型员工，具有很强的专业性。对精神鼓励有着固有的需求，因此开展思想政治工作必须以人为本，以人性化的方式，站在临床角度考虑实际问题，尊重知识，尊重人才，尊重劳动，尊重创造，激发他们更好地发挥自己的潜能。其次，采取灵活的方式开展思想政治工作，提高思想政治水平和专业技能。第三，出台相关规定，对医护人员工作上给予支持，组织上给予关心，生活上给予帮助，切实解决工作中出现的问题。知人善任，人尽其才，积极鼓励职工参与医院管理，营造一个民主宽松的工作环境。
在当前新医改时期，医院思想政治工作的重点还要通过正确引导职工转变观念适应新形势，确保新医改方案实施和医院和谐发展。
首先是思路创新。思想政治工作的关键是服从和服务医院建设这个中心，结合新医改与医院发展中职工的思想实际，以十八大和习总书记系列讲话精神为指导，实现思想再解放，观念再更新，思路再突破，从实际出发，把握思想政治工作的主动权。
其次是内容创新。紧紧围绕新医改和医院中心工作不断深化和丰富教育内容，从单一向整体素质教育转变，深入开展党的群众路线教育实践和优质服务年创建活动，紧紧围绕群众满意这一主线，积极开展“转作风、树形象、强服务、惠民生”主题活动，把教育实践活动与推动医院改革发展、解决医疗服务中存在的问题、提升服务百姓健康能力相结合。正确引导职工正视新医改和医院发展中显现的问题，从整体上提高医务人员的思想政治素质。
第三是形式创新，主动从过去的强制型转为疏导型。从集中、统一、大型教育向支部、科室、个人、多层次教育转变；从“上讲下听”单一灌输向以人为本、互相交流转变；从被动应付向提前预防和解决实际问题转变，努力实现广大职工积极参与和自我教育。
第四是考核方法创新。考核是检验思想政治工作的一个重要标准。必须建立相应的考核制度，应采用科学的、客观的、合理的考核方法，以领导重视、组织落实、科室督促、相互监督等形式，从不同的途径考核其工作效果，通过考核，进一步改进工作方式，推动工作开展，切实把思想政治工作落到实处。
