2009年4月，《中共中央国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》发布，新一轮的医药卫生体制改革正式启动。
蓝皮书称，经过五年多的医改实践，人们确实看到了一些可喜的成就，感受到了新医改带来的好处，如医保的覆盖率达到全国人口的95%以上；医保水平不断提高；公立医疗机构遍布城乡，民众就医的可及性与便利性得到了实质性的改善；公立医院改革开始破冰；医生多点执业政策开始实施；民营医院快速发展。
但蓝皮书同时表示，民众一直抱怨的“看病难、看病贵”的问题没有得到实质性缓解；公立医疗机构行政化的局面还没有找到改革的突破口；被民众广泛诟病的“以药养医”体制还没有根本改观；医生的自由执业还面临许多待解的难题；优质医疗资源有进一步集中在城市尤其是大城市的趋势；医患关系没有得到明显的改善。
“发钱和放权，无论古今中外，对政府来说都是最艰难的事情，搁在谁身上都会产生本能的抵抗。”国务院第一届医改专家咨询委员会委员房志武等专家撰文说，我国政府现行的权力与资源分配的体制顽症，目前已经超越医药卫生系统本身，成为下一步医改扩大战果的最大障碍，已不能再拖延或回避了。
到2012年底，中国新医改的第一阶段已经结束，其进展呈现一种不平衡的态势。以走向全民医疗保险为目标的医保改革稳步前行；而医疗服务体系的改革则是步履维艰，尤其是公立医院改革，更是难上加难。
“去行政化是新医改成功的必由之路。”北京大学政府管理学院教授顾昕认为，眼下，有三个问题最为紧迫：
医疗保险的统筹层次太低。很多地方的城乡医保依然在区县层级上统筹，导致医保机构的团购能力大打折扣；市场化的医药购买机制与医药价格的行政管制相冲突。现行的行政定价制度，可以概括为“按项目定价”，与“按项目付费”是相适应的，却与新的付费机制难以配套；谈判机制的非制度化，导致医保机构与医疗机构相互扯皮。
“要解决这些问题，至少涉及财政部、发改委、人力资源和社会保障部与卫生和计划生育委员会四个部委的协调。”顾昕认为，医保改革有诸多障碍，这些障碍涉及多个部门的职能调整和制度变革。
蓝皮书提出一条改革思路是，依据“管办分开”的原则，推动公立医院去行政化，彻底打破公立医院所处的行政等级体制，赋予公立医院真正的独立法人地位。
房志武表示，眼下最关键的是权力体制改革，既需要集中又需要放权。思路应是将目前的从上到下各部各局各守一摊，改为“监管权集中，经营权放开”。
集中，是要在中央和各省市层面，将医改的政策制定权和监督执行权集中到一个机构手中。
放权，是要在医药全产业的各板块中，将医院和保险等的举办权和经营权交还给经营主体。
蓝皮书建议，希望监管机构（如各地方卫生局等）建立健全机制，将监管与经营既衔接又分离，如探讨设立公立医院董事会等制度，由各市政府聘请市里的各界精英组成公立医院董事会，就像成立一个个小的“行业人大”一样，将经营权放开给这个董事会，并由卫生局监管各医院董事会，完全可以做到政府与市场的双赢、公平与效率的双赢。
顾昕表示，公立医院法人化和公立医院去行政化是一个硬币的两面。这一改革方针分别载入了2009年的国家“新医改方案”和2013年十八届三中全会决议。接下来，就是要让这一改革方针不再遭到拖延和阻滞。
