继基本药物制度被实践不断地突破之后，安徽基层医疗机构综合改革的另一条重要经验收支两条线也被废除，这意味着一度被誉为“最彻底医改”的安徽模式已逐步被消解。
2010年底，原安徽省常务副省长、省医改办主任调任国家发改委副主任，2011年春节后，他出任国务院医改办主任，这被普遍对医改安徽模式的肯定。但在其后几年的医改实践中，安徽模式逐条变形乃至废除。??基本药物制度节节败退??最先出问题的是基本药物制度。在国家基本药物制度推出后，2011年9月，最早实施基本药物制度的安徽省推出了基层医改的新版本，允许中心卫生院在国家版基本药物和省补充目录药物外，从新农合药品目录和医保目录中，增加不超过总量15%的药品。此举意味着基层“全部配备使用”基本药物的政策被撕开了口子。
2014年12月底，国家卫计委副主任孙志刚在“第三届中国卫生发展论坛--分级诊疗体系建设研讨会”的讲话发出政策信号，作为深化医改内容之一度的分级诊疗体系建设指导意见目前正在酝酿中。要实现分级诊疗，基层必须承担分流患者的责任，需要基层具备相应的服务能力和药品配备。可以说新的政策动向将消解基本药物制度。??基层医疗机构补偿扭曲??与基本药物制度相配套的“零差价”政策，也引发了重重问题。
安徽医改启动后，基层医疗卫生机构的补偿分为三大块：人头费全包，公共卫生经费足额发放，再加上各种专项经费。但是财政补偿往往不能到位。据当地媒体报道，2011年1月初，合肥市物价局在检查中发现，有8家社区卫生服务中心自立项目收费，比如“占床费”、“麻醉点注费”等，有的变相提高收费标准。合肥市价格检查监督局的胡姓人士称，执法中部分社区卫生中心向他们反映“补偿不足”。而收支两条线制度打击了基层医疗机构的积极性。
2011年底，当地中标配送商的数据显示，自从基本药物制度开始实施后，乡镇卫生院的药品采购金额呈下降之势。配送商说，“我认识的乡镇卫生院院长，原来早上7点钟就开始看病，现在都不看了。”更有大批的村医流失或改行。
此次安徽省省长的表态，意味着废除收支两条线管理，这事实上是对过去的否定。但是“医疗服务收入扣除运行成本后主要用于人员奖励”，则把医疗服务收入与医务人员所得直接挂上了钩，是当下大医院改革力图破除的沉疴，安徽医改是否矫枉过正走回老路，令人担忧。
值得一提的是，王学军是在安徽省深化医药卫生体制综合改革试点启动会上，宣布了有关规定。响应全国卫生工作会议的号召，安徽率先启动了省级深化医改综合试点。但愿，在基层的试验失败之后，安徽别再树立起一个会倒塌的样本。
