新世纪之初，医患纠纷开始频繁以极端方式，暴露医改之痛。《中国新闻周刊》2002年的这组封面报道，综合大量事实和观点指出：医患之间的矛盾，归根结底是医疗管理部门的制度设置不合理造成的，而公立医院日益严重的“盈利”趋势导致的药品回扣、医生收红包现象，开始扭曲医患之间的信任关系。2002年时的医患之痛，也依然时有发作，但是，改革已经上路，再痛也得走到底。
中国医改勉力突围
从“老医改”到“新医改”，十余年间，医改在矛盾交织中艰难推进。
《中国新闻周刊》在改革进程中，在每个关键节点，都进行了大量深度报道和解读，记录下改革中的彷徨和歧路，呈现争议和博弈，梳理困境和出路
2005年，《中国新闻周刊》记者在广州中山大学第一附属医院见到从江西来广东打工的陈丽萍时，她2岁大的儿子已经连续高烧18天不退。很快，儿子被确诊为白血病。10万元的医疗费大大超出了这个家庭所能承受的极限。
根据当时的医学统计，中国每年白血病新发病2万人，只有不到四分之一的患者接受了治疗，而其余几乎全部是因为负担不起高额的治疗费用被迫放弃。
类似的情况在当时并非个案，20余年医疗市场化改革的结果，使许多中国人不敢踏进医院大门，也使得中国医改重新站到了十字路口。
医疗改革中的“政府派”与“市场派”之争由来已久，但在2005年，“医疗市场化”日渐成为千夫所指。
2005年5月16日，《医院报》以卫生部政策法规司司长刘新明原话“市场化非医改方向”作为头题，正式启动了医改讨论；7月28日，国务院发展研究中心的报告评价：“医改基本不成功”。
这场关于“医改”的大讨论，在《中国新闻周刊》2005年的封面故事“医改歧路”中得到了充分的展现。而正如文中所言，中国医改也从这一年开始，“重新择路”。
“医改难改”
反思的拐点起于2003年的SARS。横扫中国许多大城市的SARS，使各方深切体会到了当时公共卫生体系的脆弱和医疗体系的缺漏。
而实际上，中国医改在此前的20多年时间里，不断陷入各种怪圈。80年代家庭联产承包责任制盛行之时，乡镇卫生院就搞起了承包，一直到入不敷出纷纷倒闭为止；90年代的市场热潮中，卫生部又出台“以工助医”“以副补主”政策，随后，点名手术、特殊护理、特殊病房等创收新项目，多得令人目不暇接，医院被讥为 “掉进钱眼里”；2000年前后，已经搞了两年的国企产权改革之风又吹到了卫生系统，于是，有了宿迁医改、海城医改，将公立医院纷纷卖掉。
数据显示，2003年全国卫生总费用为6598亿元，占GDP的5.6%，达到发展中国家的较高水平。但其中政府投入仅占17%，企业、社会单位负担占27%，其余56%由居民个人支付。
“这是什么水平？我们还不如非洲国家”，北京大学国家发展研究院中国经济研究中心教授李玲认为，政府的投入最低是2000年时的15%左右，“而非洲国家比这还高”。
看不起病招致了民怨的堆积，改变也从2003年开始。非典之后的两年内，国家在建立疾控中心、完善公共卫生体系等方面投入了300亿元以上，较常年增长20倍之多。
“以药养医”改革也陆续着手破题，这一阶段的解决方案是“药品零差率下的统购统销”，即16字方针：“定点生产、集中采购、统一配送、优先使用”。
这种类似用当年粮食购销体质改革来减少流通环节、降低药价的努力，却显然无法触及真正的“病根”。2008年1月，在社会各界对“新医改”方案翘首之际，《中国新闻周刊》以“医改难改”的封面报道，呈现医改起步之艰难。
《中国新闻周刊》调查发现，“在以药养医的格局下，‘优先使用’只是国家的指导性说法，并没有实际的动力机制，很难做到。”一位药企董事长当时接受采访时透露，与一般商品价格低销量大不同，以药养医格局下的加价机制是逆调节机制，药品加价的空间越小，市场占有率越小，促使药价往高走。
例如，廉价药在医院并不是医生的首选。八毛钱的青霉素和二十块钱的头孢，即使给医生的提成相同，绝对值也相去甚远。医生当然愿意开头孢。青霉素这样的廉价药只能逐渐退出市场。
按照国家规定，医院只能在药品进价的基础上顺加15%。但国家发改委数据显示，由于缺乏有效监管，全国医院药品实际加成率已经达到41%。此外，医药企业付给医院的“公关费”和医生的“回扣”高达数百亿元，医院长期拖欠占用的药品回款资金平均也在千亿左右。
北京大学医药经济研究中心研究员董朝晖在接受《中国新闻周刊》采访时评价，“正如当年的粮食购销体制改革，为了避免流通环节的层层加价，同样采取了回避中间环节、由政府统购统销的办法，结果是什么呢？粮食在粮库堆积成山，凭空增加了存储成本，而黑市粮却开始泛滥”。
