在医疗损害赔偿的案件中，都存在违约责任与侵权责任的竞合。按照我国法律，请求权竞合时只能选择其中一种请求权的规定，法官在医疗纠纷案件的审判实践中允许患者选择更有利于自己的请求权即提起违约之诉或者侵权之诉。那么，以侵权损害赔偿提起诉讼的，其时效规定应该是适用《民法通则》第一百三十六条第一项，“身体受到伤害要求赔偿的，诉讼时效期间为一年”。 诉讼时效从知道和应当知道权利被侵害时计算。但是由于医患双方掌握知识和信息的不对等性，以及医疗损害后果的潜伏性和隐蔽性。因此，人民法院在审理医疗纠纷案件中，应该从有利于患者的角度出发，尽量不用“应当知道”的推测性标准来计算诉讼时效。 最高人民法院关于贯彻执行《中华人民共和国民法通则》若干问题的意见（试行）第一百六十八条：“人身损害赔偿的诉讼时效期间，伤害明显的，从受伤害之日起算；伤害当时未曾发现，后经检查确诊并能证明是由侵害引起的，从伤势确诊之日起算。”显然也倾向于以受害人“明确知道”为主要标准，而非“应当知道”为主要标准。
由于医疗行为的特殊性（尤其是在长期内经过多家医疗机构治疗的情况下），以及患者掌握医学知识和病况信息的不足，仅以知道“权利被侵害”为起点是不足以切实保护受害人的权利的。因为存在患者发现损害后果时，由于事隔久远而无法确定侵害人，因此也在一定时期内无法起诉的情形。 在这种情况下，有必要以知道“损害后果”和“因果关系”为起点计算诉讼时效。当然，对“因果关系”的知道只是能确定侵害人为准，而不要求知道详细具体的因果关系分析。因为这种情况应该属于《民法通则》第一百三十七条中的特殊情况。：“有特殊情况的，人民法院可以延长诉讼时效期间。”
