如果采用招标确定定点零售药店和定点医疗机构的模式，那和原有的双审批模式，没有本质的不同，对于定点机构的数量和准入时间均有比较大的限制，这并没有充分发挥市场的作用。与之相比，协议定点可能是管制相对较轻的一种公共管理模式。但是，这种模式仍然要看对于定点机构数量、时间的限制是否严格，尤其要看协议定点的遴选标准怎样设计。
如果定点机构数量、时间限制保持与过去一致，这种情况下，只不过是零售药店、医疗机构互相之间重新竞标定点资格，这只是利益的重新洗牌。药品市场中谁受益最多，还要看定点机构遴选标准怎么来制定。
如果定点机构数量、准入时间完全放开，遴选标准将直接决定药品市场的利益分布。以广东省深圳市为例，其定点零售药店量化评分标准中执业药师的专职配备在评分中占比为35%，剩余60%评分中零售连锁药店占优势，只有15%评分两者区别不是很大。而在执业药师配备方面，零售连锁明显强于单体药店。因此，单体药店要想进入定点机构，要么配备执业药师，要么加盟连锁，而加盟连锁的成本相对较低。也就是说，如果按深圳市的制度设计，政策将利于药品零售连锁企业。
下面再看定点医疗机构，深圳市对于定点医疗机构的量化评分标准中对于建筑面积、医师数量、护士数量等的规定有利于大型医院，但是不区分公立医院、民营医院。这将有利于民营大型医院的发展，但是对于基层医疗机构（社区卫生服务站、村卫生室、个体诊所）的影响是负面的。这有可能导致保险基金向大型医院流动，违背医药卫生体制改革分级诊疗的总体布局。
2015年初，笔者在调研国家自然科学基金（批准号71203124）时，发现所调查的山东省三县新农合基金均有60%~80%左右流向了县级以上医院。如果医疗保险定点放开后，遴选标准在设计时不考虑基层医疗机构水平，那么这种保险基金上流的趋势将进一步加剧。而如果对于基层医疗机构采用另一套遴选标准，则将有助于吸纳更多的医疗机构与县医院竞争，从而使患者就诊可以下沉，从而有助于借助市场力量配合分级诊疗改革。
还有协议周期的影响也不容忽视。从湖南、广东省深圳市、江苏省镇江市来看，协议周期分别是1、2、3年，协议周期越长，政府的管理成本越低；但是，市场竞争的力度会减小，到底协议周期多长时间合适，需要权衡利弊来决定。
医疗保险定点放开后，地方政府有可能从协议定点、招标定点两种模式中进行选择。由于协议定点不限制机构数量、不限制准入时间，有利于市场机制的发挥、政府的管理成本也相对较低，有可能成为主流的制度选择。但是即使采用了协议定点，仍然要注意定点机构遴选标准、协议周期仍然将影响药品和医疗市场的利益分布，甚至影响医药卫生体制改革分级诊疗的战略布局。尤其定点机构遴选标准的设计将成为地方政府改革中的矛盾焦点。
