在医药界草拟的“上书意见”的讨论稿中，对于造成药品流通问题的症结表述是：我国近80%的药品销售在医院，而医院实行“以药养医”政策，使得药品收入成为医院经济收入的主要来源，在产业链中处于强势垄断地位。医院追求药品销售的高加价和高回扣，带来了药品流通中的不正之风。
“公立医院究竟怎样改革思路未明。”一位医药协会会长分析，解决药品流通体制目前存在的问题，关键在于医疗服务体系改革，但这点在新方案中模糊不清。如“怎样政事分开？怎样管办分开？”
“在这两处事关医疗服务体制改革的关键点上，没有明确给出政策操作方案。”现场会上，北京医药集团代表称，既然新医改方案是用来指导全国医改，就应该明确具体操作性思路。
当日，原本是全国医药行业协会会长和秘书长的联系会，但恰逢在新医改方案公布后第二天召开，联席会自然成了对新医改方案的讨论会。
中国80%的药由医院“开出”，新医改意味着重构医药利益链条。这使得6千家药品生产企业、1万家医疗器械生产企业、1万多家药品流通企业、34万家零售企业不得不紧张。
在通读新医改方案后，医药界明晰看到“行政干预药品流通市场”的思路，并对此产生了担忧和质疑。
从会上信息看，医药界将紧急听取相关企业、行业领域对新医改方案的意见，形成统一意见并由所有会长、秘书长汇签后，上报国务院有关部门。“‘以药养医’的趋利性问题没有从体制改革上给出答案。”会上，浙江省医药行业协会会长赵文博称。药价虚高、药品流通中的乱象丛生，是当下中国医改生态的主要话题。但多位医药行业协会代表在“研读”新方案后，得出了和赵文博相同的感受，不改医疗服务体制，就不能从根本上解决药品流通问题。
即“政事分开”“管办分开”要求卫生行政部门转变身份，从办医院到监管医院。“我国药品生产不存在生产不了，不是没有生产基本药物的能力。”中国医药（600056,股吧）企业管理协会常委副会长于明德称，我国药品制剂生产能力严重供过于求。如片剂设备能力利用率为45%，胶囊设备能力利用率为40%，粉针剂设备能力利用率仅为27%。“是定价和医疗服务体系问题。”于明德分析，解决了这个关键性环节，根本不需要政府来指定谁来生产和供应。
同时，对于方案中列出的基本药物供应体系模式，医药界质疑为其是回归到“统购统销”。“定点生产加强了企业恶性竞争。生产和供应应该是市场竞争机制，而不是政府来定。”赵文博称，行政部门直接干预药品流通的做法，违背了市场经济规律。“怎样定点？谁来定？谁来配送？政府还是企业？谁是中间环节？”中国医药商业协会副会长王锦霞表示，如果这些词语前的主语是“政府”，意味着可能会出现寻租空间除去基本药物供应体系，方案中的对于基本药物的使用规定，也引起了医药界关注。
“是否用基本药物应该根据病情需求，怎么能看比例使用？”中国医药商业协会副会长朱长浩对新医改方案中“社区医疗机构全部使用，其他医院按一定比例使用”的描述很困惑，“一种药怎么能按比例去使用？”此外，基本药物在社区“零差率”“卖出”，也让医药界担心，社区变相成为一个零售药店。“医院垄断地位更强了。”东部地区一位医药协会会长表示，按医改方案思路，社区医院全部用基本药物，而且是零差价“卖出”，这意味着直接和4万家零售药店产生竞争。
“医药分开首先应该体现在社区医院，社区医院不应该卖药。”王长浩表示，“国外医院是不卖药的。”“基本药物”试点：定点了10家6家未生产。实质上，医改方案中的基本药物生产供应体系，已经在之前进行了试点。但医药界认为，试点证明该模式是不成功的。
