与城市及县级公立医院明显不同的是，中成药在基层医疗机构的使用比例更高，特别是乡镇卫生院医疗终端。城市公立医院与县级公立医院的中成药使用比例只有二至三成，而乡镇卫生院接近五成。 
从销售金额上看，乡镇卫生院使用的药物绝大部分为医保目录内品种，属于基本药物目录范围的药物销售占比不足五成。自从2014年国家卫计委印发《关于进一步加强基层医疗卫生机构药品配备使用管理工作的意见》后，各省均开始对基层医疗机构用药进行松绑，其中大部分省份规定基层医疗机构基药使用的金额和品规数要超过百分之五十或以上。从目前的情况看，首先乡镇卫生院基药配备比例仍待提升，大部分乡镇医疗机构只配备不到基药目录一半的药品种类；其次，国家基本药物目录仍略显狭窄，限制了基层卫生院的诊疗科目与范围，比如全麻药、止血药的缺乏，导致常见基本简单手术在基层医疗机构无法顺利开展。 
化药以抗感染药为主 
乡镇卫生院中全身用抗感染药物占据半壁江山。这类基层医疗机构一方面医疗水平有限，治病仍旧以传统的“三素一汤”为主；另一方面，农村居民对乡镇基层医疗机构信心有限，慢性疾病的在基层医疗机构作常规治疗的习惯还需要进一步培养。从未来的大趋势看，乡镇卫生院的用药结构将逐步与城市社区靠近。 
从化药Top 10品种分布看，农村基层抗菌药仍是主打，此外就是氯化钠、葡萄糖等大输液品种。排名首位的阿莫西林克拉维酸钾2014年同比增长超过30%，显示出其在农村市场仍有很大的拓展空间。单从全身用抗菌药物的使用结构来看，在城市医院销售排名首位的哌拉西林他唑巴坦在乡镇卫生院市场Top 10品种中不见踪影；而在城市医院销售排不进前十的阿莫西林克拉维酸钾在乡镇卫生院排名首位，这种药物已经彻底下沉至基层终端市场。其他如头孢克洛、头孢呋辛酯、头孢唑肟、头孢曲松等上一代头孢品种在城市医院中已经排不进前十，但在乡镇卫生院中仍占有重要地位。左氧氟沙星、头孢呋辛两种药物无论在城市医院还是乡镇卫生院均排在全身用抗菌药物销售额前三品种位置，这两个品种无论疗效还是渠道的铺货均得到市场肯定。 内资企业的天下 从厂家角度看，农村基层目前仍旧是内资企业的天下，外资企业鞭长莫及。农村基层医疗机构用药Top 10企业基本上都是抗菌素生产厂家。其中，湘北威尔曼制药股份有限公司的产品销售增长翻倍，辰欣药业股份有限公司也有超过50%的销售增长，从这些快速增长企业的主打产品可以一窥未来乡镇卫生院药物市场的变化趋势。 
中成药用药城乡差别不大 乡镇卫生院中成药用药与城市差别不大，前三位用药领域分别为心脑血管疾病用药、呼吸系统疾病用药、骨骼肌肉系统疾病用药，其中，心脑血管疾病用药占近一半市场份额。不过从占比变化情况来看，心脑血管疾病用药中2014年的市场份额占比同比已出现一定下滑——其销售同比增长率是重点治疗领域中最低的。 
从Top 10产品排名来看，心脑血管疾病用药品种占据大部分席位，与城市公立医院用药不一样的是，多了两个骨骼肌肉系统用药品种。这与农村基层多需要进行体力劳动，容易造成骨骼损伤有关。除云南白药和活血止痛主要为口服制剂、清开灵口服剂型与注射剂各占一半比例外，其余品种均是中药注射剂，在这一点城乡区别不大。
