争议：疫苗不良反应补偿标准待明确
《疫苗管理法》立法参与者、清华大学法学院助理研究员张怡认为，此次《草案》体现了最严谨的标准、最严格的监管、最严厉的处罚、最严肃的问责“四个最严”的要求，并在吸收社会各界的意见后，进行了进一步的细化和优化。比如，《草案》在总则中明确规定了国家对疫苗实行最严格的管理制度。
但不少条款仍存有争议。例如，争论激烈的预防接种异常反应补偿机制。简而言之，即对疫苗不良反应受害者该如何补偿。
由于个体差异，受种者按照规范接种程序接种合格疫苗后，仍可能产生严重不良反应致残、致死，但比较罕见，业界将其定义为“恶魔抽签”。现实中，由于补偿标准不一、补偿程序繁琐等问题，被“恶魔”抽中的受害者的理赔之路困难重重。
几经讨论，《草案》仍维持了与《征求意见稿》相同的规定。
在我国，免疫规划疫苗（即一类疫苗）免费、强制接种，如儿童接种的脊灰、麻疹等疫苗。非免疫规划疫苗（即二类疫苗）自费、自愿接种，如狂犬病疫苗。
对于接种一类疫苗引起异常反应需要补偿的，《草案》提出，补偿费用由省、自治区、直辖市人民政府财政部门在预防接种工作经费中安排；具体补偿办法由省、自治区、直辖市人民政府制定。
张怡指出，这容易造成发达地区和落后地区补偿标准的巨大差异，“很多学者都认为应该由国务院制定统一的标准”。
对于接种二类疫苗引起异常反应需要补偿的，《草案》提出，补偿费用由相关的疫苗上市许可持有人承担。国家鼓励建立通过商业保险等形式对预防接种异常反应受种者予以补偿的机制。
