口腔鳞状细胞癌好发于亚洲的中部和南部，与病毒感染、理化刺激（吸烟、饮酒等）、致癌病毒感染、遗传等多种因素有关，是一种高转移性口腔癌，复发率高，患者生存率低。依托于蛋白芯片技术和双向凝胶电泳技术和基质辅助的激光解吸飞行时间质谱技术和生物信息学比较蛋白组学方法，筛选口腔鳞状细胞癌相关蛋白，可用于研究肿瘤发生的机制，作为肿瘤诊断标记和肿瘤治疗靶。现介绍国外几则研究如下。
美国国立癌症研究院采用抗体芯片的高通量蛋白组分析方法，分析了口腔磷状细胞癌组织的蛋白表达在上皮细胞中有多种蛋白的表达发生改变（定量和定性），与肿瘤发生相关。另外在上皮细胞周围和邻近上皮细胞的基质中也有多个蛋白的表达发生改变，直接与上皮肿瘤的发生相关。经过鉴定，涉及的蛋白与信号传递路径相关。猜测上皮与基质之间涉及多重细胞信号的广泛分子信息在口腔癌的发生中起关键作用（Proteomics.2001,1(10):1271-8）。
香港大学化学部采用双向电泳和基质辅助激光解吸离子化－飞行时间质谱检测了10位口腔舌头癌组织和与之匹配的正常黏膜切片的蛋白表达谱。与匹配的正常黏膜切片相比，口腔舌头癌组织中的热休克蛋白HSP60，HSP27，B-晶状体球蛋白，ATP合成酶，钙结合蛋白B，肌浆球蛋白，原肌浆球蛋白和半乳糖结合蛋白1的表达发生改变，与肿瘤相关。这些肿瘤相关蛋白可用于肿瘤的诊断和监测肿瘤的复发（Proteomics.2004,4(1):271-8）。
香港大学分子生物学研究所利用蛋白组学技术分析了口腔SCC组织，鉴定与肿瘤相关的蛋白，作为肿瘤的生物标记物或分子靶点。除了a B-晶状体球蛋白表达下降外，在肿瘤组织中有许多蛋白的表达过量，上述蛋白包括糖分解酶，热休克蛋白，肿瘤抗原，细胞骨架，与解毒和抗氧化系统相关的酶，与线粒体和细胞内信号传递相关的蛋白。广泛的蛋白表达的变化表明肿瘤的发生与多种细胞途径相关，许多蛋白可同时作为疾病诊断的标记物。至少SCC抗原，G蛋白，谷胱甘肽硫转移酶，锰超氧化物歧化酶，膜联蛋白，依赖电压的阴离子通道，亲环素A，stratifin 和半乳糖结合蛋白7 是后选的靶蛋白。上述发现表明利用蛋白组学分析可以获得丰富的蛋白质信息，利于全部的理解肿瘤发生和发病机理，是设计诊断和治疗方法的基础（Proteomics.2004,4(8):2465-75）。
日本千叶大学分子生物学部采用荧光双向电泳对人正常口腔角化细胞（HNOKs）和口腔磷状细胞癌细胞系（HSC-2和HSC-3）进行蛋白组学分析，并设定蛋白表达变化大于或等于2倍是有意义的。对感兴趣的斑点分类，并用基质辅助激光解吸离子化－飞行时间肽质谱进行指纹鉴定。与HNOKs相比，口腔磷状细胞癌细胞系有二十二种蛋白的表达发生改变，其中9种蛋白表达上调，13种蛋白的表达下调。上述蛋白中包含有癌相关蛋白；膜联蛋白A1，热休克蛋白27，核纤层蛋白A/C，白细胞介素1受体拮抗抗剂，丝氨酸蛋白酶抑制剂clade B5，stathmin 1和超氧化物歧化酶2。鉴定的蛋白可用于研究症癌发生，或作为口腔磷状细胞癌诊断的标记和治疗靶（Int J Oncol.2005,27(1):59-67）。
