来自中国医学院/北京协和医学院分子肿瘤学国家重点实验室、南京医科大学、中山大学肿瘤防治中心等处的研究人员，通过全基因组关联研究技术发现了三个全新的中国人群食管鳞状细胞癌（Esophageal squamous cell carcinoma ，ESCC）易感位点，这对于解析这一疾病的分子机理，以及相关治疗具有重要意义。这一研究成果公布在《自然—遗传学》（Nature Genetics）杂志上。
领导这一研究的是中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院肿瘤研究所病因及癌变研究室主任林东昕教授，他曾于1998年获得国家杰出青年科学基金，2003-2004年度被评为卫生部有突出贡献中青年专家、国务院颁发政府特殊津贴专家。林教授研究组曾较系统地研究了致癌物代谢、DNA修复、细胞周期和凋亡控制、肿瘤免疫等系统的基因遗传变异与肺癌、食管癌、胃癌、乳腺癌、结-直肠癌等常见肿瘤发生和发展的关系。
全基因关联研究是目前研究常见复杂性疾病易感基因或致病基因最重要和最热门的方法之一。在这篇文章中，研究人员运用高密度SNP芯片，在全基因组范围检测了大样本量的食管癌患者和和正常对照者的基因变异，并经过多中心、大样本量的病例-对照验证，发现5个染色体区段的变异（5q11的rs10052657，21q22的rs2014300，6p21的 rs10484761，10q23的rs2274223和12q24的rs11066015、rs2074356和rs11066280）与食管癌发病相关。其中，位于染色体12q24的rs11066015、rs2074356和rs11066280变异与吸烟或/和饮酒有显著的基因-环境交互作用。吸烟和饮酒是最明确的与食管癌发生相关的危险生活方式。这一研究还显示，上述易感位点与食管癌风险有累积关联作用，即携带危险变异越多，发生食管癌的风险越大。携带2至6个风险基因型的人发生食管癌的风险逐渐由1.27增加到4.60。上述易感位点涉及ALDH2、RPL6、PTPN1、C12orf51、PDE4D、RUNX1、UNC5CL和PLCE1等基因，这些基因与乙醛和致癌物代谢、细胞增殖与凋亡等相关。该研究成果对深入了解食管癌发生的分子机理、对食管癌预警、早期诊断和预防有重要意义。
这项研究成果是国内多家学术单位共同合作的结果，包括林东昕教授课题组、詹启敏教授课题组和刘芝华教授课题组等，吴晨等多名博士研究生参与该研究，为完成该研究做出重要贡献。Nature Genetics是具有很高影响力的学术期刊，2009年影响因子为34.284。（生物谷Bioon.com）
生物谷推荐原文出处：
Nature Genetics DOI:10.1038/ng.849
Genome-wide association study identifies three new susceptibility loci for esophageal squamous-cell carcinoma in Chinese populations
Chen Wu; Zhibin Hu; Zhonghu He; Weihua Jia; Feng Wang; Yifeng Zhou; Zhihua Liu; Qimin Zhan; Yu Liu; Dianke Yu; Kan Zhai; Jiang Chang; Yan Qiao; Guangfu Jin; Zhe Liu; Yuanyuan Shen; Chuanhai Guo; Jianhua Fu; Xiaoping Miao; Wen Tan; Hongbing Shen; Yang Ke; Yixin Zeng; Tangchun Wu; Dongxin Lin
Esophageal squamous-cell carcinoma (ESCC) is one of the most prevalent cancers worldwide and occurs at a relatively high frequency in China. To identify genetic susceptibility loci for ESCC, we conducted a genome-wide association study on 2,031 individuals with ESCC (cases) and 2,044 controls of Chinese descent using 666,141 autosomal SNPs. We evaluated promising associations in an additional 6,276 cases and 6,165 controls of Chinese descent from different areas of China. We identified seven susceptibility loci on chromosomes 5q11, 6p21, 10q23, 12q24 and 21q22 (ranging from P = 7.48 × 10?12 to P = 2.44 × 10?31); among these loci, 5q11, 6p21 and 21q22 were newly identified. Three variants in high linkage disequilibrium on 12q24 confer their risks to ESCC in a gene-lifestyle interaction manner, with more pronounced risk enhancement seen in tobacco and alcohol users. Furthermore, the identified variants had a cumulative association with ESCC risk (Ptrend = 7.92 × 10?56). These findings highlight the involvement of multiple genetic loci and gene-environment interaction in the development of esophageal cancer.
