863计划生物信息技术主题2004年度在生物信息的获取与开发、加工与利用方面取得了较大的进展：
生物信息技术研究中心初具规模
初步建立了以上海、北京为基地的分布式国家级生物信息技术研究中心，为全国近100家科研单位提供了技术服务，在国家生命科学、生物技术和相关交叉研究领域研究中发挥了重要作用。本年度以国家级生物信息技术中心为主体发表了包括Science，Nature Biotechnology, Bioinformatics等高水平的研究论文，这些具有国际影响的原始论文都有相应的自有数据库和分析软件系统，其研究成果得到国际认可表明我国分布式生物信息研究中心已经初具规模。
自主构建和完善了20多个数据库，数据规模超过2TB
生物信息技术数据库建设取得了重要进展，构建和完善包括核酸、蛋白序列、信号转导、生化代谢通路、结构和功能域信息、表皮葡萄球菌、钩端螺旋体等自主研发的数据库。这些规范化的自有数据库的建立，大大改变了我国过去在生命科学数据库建设方面没有标准和规范，零散和安全性差的落后局面。同时还整合了150多个国际生命科学研究公共数据库，达到国际生命科学研究公共数据库的2/3。
参与制定蛋白质组学数据标准，被国际人类蛋白质组学研究组织采纳并使用
与欧盟有关研究机构EBI共同制定的蛋白质组学数据标准已被国际人类蛋白质组学研究组织（HUPO）采纳并使用，按照此标准构建了我国第一个、也是国际上第一个蛋白质表达谱数据库，已提供给我国主导的“人类肝脏蛋白质组研究计划（HLPP）”使用。同时，参与国际单核苷酸多态性（SNP）数据交换标准制定工作，自主构建的SNP数据库已经上网提供服务。
数字化虚拟人研究取得良好进展
初步建立数字化虚拟人体模型，人体数字信息关键技术获得重要进展，已获得具有自主知识产权的男女成人切片数据集，以及包括颅脑、心脏、肾脏和肝脏在内的十二套原始数据集及其按不同用途开发的子数据集，解决了人体局部器官的海量数据管理和共享难题，实现了基于计算机并行处理的局部器官的三维重建和可视化。
Bio-science可视化生物信息数据分析软件系统成功开发并进入市场销售
上海生物信息技术研究中心开发出我国第一个市场化的大型生物信息学数据分析产品——Bio-Science可视化生物信息数据分析软件系统，市场售价高达27.5万欧元一套，欧洲著名制药公司Aventis已经购买了该软件系统。同时，在这一大型软件包的基础上，国际500强制药公司日本的Japan Tobacco已经表示愿与中方进一步共同开发面向药物研发的蛋白质组功能注释的生物信息学工作流软件。
开发了一批有自主知识产权的软件并投入了应用
2004年在主题支持下研制的大量软件提供给国内外科研机构使用，这些软件涵盖大规模基因组测序数据拼接、基因组功能注释、基因表达序列标签数据分析、生物芯片数据分析、药物毒理分析、蛋白质结构与功能预测分析、药物分子设计等众多方面。其中多肽指纹图谱鉴定软件包的开发，打破了国外产品在中国的垄断地位（同类产品单个CPU国际市场销售价$1600，而大规模的蛋白鉴定需要的计算机集群其CPU个数至少超过16个），该项产品将进行商业开发和市场推广。北京大学自主开发的药物设计和蛋白质工程设计软件包被国内外约900家研究所、公司使用，一些国外公司已经表示了强烈的对此软件包进行商业开发的意向。
