美国Eurekalert网4月11日报道,全球第一个注释生物模型数据库--BioModels http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ 正式启动。BioModels是欧洲生物信息研究所(EBI)、和SBML Team(作为一个国际性小组,开发针对生物体系描述的开放源标准)共同合作的结晶。同时还得到了美国Keck研究所、日本系统生物学研究所和南非斯坦陵布什大学(Stellenbosch University)的大力支持。
即使最简单的生物体也执行着一系列不同的程序,以复杂的方式互相连接确保生物体对环境变化做出适时反应。人类深入了解这些程序的最佳方法是建立计算机模型。如果某种计算机模型与真正的生物体表现不同的话,就表明我们忽略了该体系的一个重要构成。定量模型还能揭示出复杂体系中曾被忽略的部分,为新的药物治疗铺平道路。这种被称为“计算机系统生物学” (computational systems biology)的方法正日益流行,科学家也正积累各种生物的详细目录表。
EBI的Nicolas解释说:“目前为止,计算机模型建立者们没有固定方法交流生物体系描述,也没有地方可以放置或共享新模型。BioModels数据库的创立就是为了解决这些问题。”
首先就是要制定用来描述生物模型的标准。由SBML开发的系统生物学标记语言(The Systems Biology Markup Language),作为一种开放源计算机语言,正在受到广泛的接受,并得到全世界约75个不同软件系统的支持。生物学家可以选择一种工具来编写模型,然后供他人共享。
加利福尼亚技术研究所的Michael Hucka说:“下一步是建立一个团体性资源,这正是BioModels数据库的目的所在。人们可以通过BioModels来对生物化学和分子生物学体系的定量模型进行发表和评论。这些体系有的很简单,只包含一些程序和反应,而有些则很复杂。模型上的注释可以让使用者准确地确定模型的构成,帮助他们重新得到合适的模型。
Nicolas说:“我们希望能鼓励人们发表新的模型并放在BioModels数据库中,这将确保所有公共领域的模型能有最大的利用价值。”