生物谷报道：在国际权威杂志《生物信息学》编辑部发展论文，这对生物信息学领域的很多教授来说都是件梦寐以求的事，而浙江大学生命科学学院生物信息学本科生陈晓辉、宁开达，用他们的论文《BNArray：基于贝叶斯网络构建生物芯片基因调控网络的R语言包》叩开了这一权威杂志的大门。
浙大有关部门负责人介绍说，《生物信息学》是国际生物信息学科最顶尖的杂志，其SCI影响因子大于6，这是浙大以在读本科生为第一作者发表的影响因子最高的论文。据了解，一本学术刊物影响因子达到3就已经比较高了。
陈晓辉和宁开达分别是浙大2002级、2003级的本科生，陈晓辉2006年已经毕业。现读大四的宁开达告诉笔者，这是他们在2005年7月启动的一个课题。这篇论文的主要内容是对大规模基因芯片的数据进行基因调控网络的预测和构建，基于贝叶斯网络方法，改进了相关的算法，并编写了一套R语言程序，通过运行这套程序进行数据分析，可以得到多个基因之间的调控关系。而按照传统的处理方法，只能得到单个基因之间的调控关系。两位学生的导师陈铭教授告诉笔者，研究多个基因之间的调控关系是当前生命科学研究的趋势和热点。
宁开达回忆起一年多来的科研经历非常感慨，她说，搞科研很辛苦，我们查阅了近百篇国内外文献，特别是外文原著了解最新进展，并启发和开拓思维，然后进行酝酿、讨论、总结，一有新的想法，马上到陈老师的实验室进行研究，编写程序，然后进行反复的调试、修改漏洞。陈铭老师说，本科生也要敢于去做前沿的科学研究，他们能发表这么高水平的论文，一方面得益于他们两人非常扎实的学科基础，另外两人在研究上也非常努力。
对于这个课题的未来，宁开达说，这个R语言程序包是一个用于科研的程序，打算无偿开放，供科学研究使用。目前已经有一所美国高校的教授和他们接触过，希望能使用这个程序包来辅助进行生物芯片研究。
原始出处:
Bioinformatics Advance Access originally published online on September 27, 2006
Bioinformatics 2006 22(23):2952-2954; doi:10.1093/bioinformatics/btl491
BNArray: an R package for constructing gene regulatory networks from microarray data by using Bayesian network
Xiaohui Chen 1, Ming Chen 1,2,* and Kaida Ning 1
1 Department of Bioinformatics Zhejiang University, Hangzhou 310058, China
2 The National Key Laboratory of Plant Physiology and Biochemistry, College of Life Sciences Zhejiang University, Hangzhou 310058, China
*To whom correspondence should be addressed.
Summary: BNArray is a systemized tool developed in R. It facilitates the construction of gene regulatory networks from DNA microarray data by using Bayesian network. Significant sub-modules of regulatory networks with high confidence are reconstructed by using our extended sub-network mining algorithm of directed graphs. BNArray can handle microarray datasets with missing data. To evaluate the statistical features of generated Bayesian networks, re-sampling procedures are utilized to yield collections of candidate 1st-order network sets for mining dense coherent sub-networks.
Availability: The R package and the supplementary documentation are available at http://www.cls.zju.edu.cn/binfo/BNArray/.
Contact: mchen@zju.edu.cn
