霸王龙的蛋白似乎能够保存数百万年的时间 （图片提供：Photos.com）
科学家在两年前报告说他们在一具距今6800万年的霸王龙化石中发现了完好无损的蛋白质片段，这一研究成果可谓一石激起千层浪。对此持怀疑态度的科学家认为，其中一条证据的主线——由质谱分析得出的蛋白质片段的标记——是有缺陷的。然而如今一个独立的研究小组对相关的质谱数据进行的再分析支持了最初的结论，即恐龙的蛋白质真的能够在时间的侵袭下保存至今。
2005年，由美国罗利市北卡罗来纳州立大学的Mary Schweitzer领导的研究小组在《科学》杂志上报告说，他们发现了一具不同寻常的霸王龙化石。这具化石附有一些恐龙的软组织，其中包括血管和其他纤维组织，并且似乎保存得非常完好。两年后，Schweitzer的研究小组与波士顿市哈佛医学院的质谱分析专家John Asara及同事合作，通过质谱分析鉴别出7个缩氨酸片段——这些蛋白质片段似乎来自于霸王龙的胶原质，并且这些序列接近于鸡和其他现代鸟类的相关序列，从而被认为为鸟类进化自恐龙的观点提供了更多的线索。然而怀疑论者却认为，这些质谱信号只不过来自于相关数据的背景噪音。并且他们表示，Schweitzer和Asara无法排除由污染物导致的信号。
这场争论一直充斥在随后的论文和快报中。并促使Asara公布了他的全部质谱数据，从而希望其他专家能够根据这些数据作出自己的判断。最终，来自美国加利福尼亚州帕洛阿尔托研究中心和加利福尼亚大学戴维斯分校的研究人员决定对此展开研究。他们利用一套完全不同的生物信息学工具和统计学试验对Asara的质谱数据进行了再分析。
加利福尼亚的研究人员报告说，其中的3种缩氨酸片段与一种胶原质的远古形式完全匹配，而其他的匹配则仅有较少的统计显著性。研究人员指出：“总而言之，我们在霸王龙的质谱中并没有发现明显的错误：被鉴别出的缩氨酸似乎与包含有可能非常古老的与鸟类似的骨骼的一件标本相吻合，这件标本仅仅被适量的可以辨明的蛋白质所污染。”研究人员在7月出版的《蛋白质组学研究杂志》（JPR）上报告了这一研究结果。
Asara表示：“这真是一个非常好的消息。”他推断新的研究结果将能够平息这场争论，这是因为来自恐龙的软组织实在是太罕见的发现。他说：“我认为这项工作为有关质谱分析的解释画上了句号。”如今，这一来自霸王龙的蛋白质已不再是唯一的发现。今年5月，Schweitzer、Asara和同事报告了一个来自于8000万年前的恐龙化石的类似研究结果，这也为科学家带来了新的希望——他们或许很快就能找到一扇窗口，从而了解恐龙的蛋白质分子构成。（生物谷Bioon.com）
生物谷推荐原始出处：
J. Proteome Res., Article ASAP July 15, 2009
Reanalysis of Tyrannosaurus rex Mass Spectra
Marshall Bern*, Brett S. Phinney and David Goldberg
Palo Alto Research Center, 3333 Coyote Hill Road, Palo Alto, California 94304, and Genome Center, University of California at Davis, Davis, California 95616
Asara et al. reported the detection of collagen peptides in a 68-million-year-old Tyrannosaurus rex bone by shotgun proteomics. This finding has been called into question as a possible statistical artifact. We reanalyze Asara et al.’s tandem mass spectra using a different search engine and different statistical tools. Our reanalysis shows a sample containing common laboratory contaminants, soil bacteria, and bird-like hemoglobin and collagen.
