生物谷报道:由EMBL等处的研究人员公布的三篇文章对大规模蛋白质组学的数据分享和信息比较方面提出了新的方法见解,令这些数据能更易被科学家们分享使用,这些文章发表在8号和26号的Nature Biotechnology杂志上。
这三篇文章中的两篇作为Perspectives papers公布在杂志上,可免费获得,主要是提出了蛋白质组学和分子相互作用实验的公布要求,并讨论了这些方法的执行(mplementation),影响(impact)和益处(benefit)。最后一篇文章,公布在26号的杂志上,提出了这些标准如何不仅对于研究人员而言有帮助,而且也通过更详细和完整的信息来源有利于更广泛的交流。
随着可获得的生物学信息的数量,以及公共数据库的增加,这些数据的一致性就成为了比较,整合和交流的关键点。作为欧洲生物学数据的主要来源,EMBL——欧洲生物信息研究所(EBI)提出了应用于其自身数据库,比如ArrayExpress(生物芯片及基因表达数据),IntAct(分子相互作用数据),以及PRIDE(实验证据及发表文章相关的蛋白鉴别)的统一标准。
原文检索:
Nature Biotechnology 25, 887 - 893 (2007)
Published online: 8 August 2007 | doi:10.1038/nbt1329
The minimum information about a proteomics experiment (MIAPE) [Abstract]
Nature Biotechnology 25, 894 - 898 (2007)
Published online: 8 August 2007 | doi:10.1038/nbt1324
The minimum information required for reporting a molecular interaction experiment (MIMIx)