863计划蛋白质组研究构建了1737个基因高表达载体；纯化了458个蛋白表达产物；获得了126个可供衍射数据收集的蛋白质结晶（包括微晶）；测定了69个蛋白质和具有重要意义的蛋白质复合物三维结构（包括6个核磁分析的结构）。解析了人细胞浆内NADP+依赖型的异柠檬酸脱氢酶及其辅酶NADP+的复合物的晶体结构; 测定了一个潜在的药物靶蛋白——PDF（钩端螺旋体去甲酰化酶）以及PDF与actinonin（一种天然的PDF抑制剂）结合复合物的X射线晶体结构。人色氨酰-tRNA合成酶、人上游转录因子(hUBF)等重要蛋白质的结构与功能研究也取得了重要进展。SARS冠状病毒蛋白酶3cl及其复合物的三维结构解析成功，受到国际同行的关注与好评。
随着我国蛋白质组研究队伍的不断壮大，我国蛋白质组研究的重心也逐步从最初的以建立技术平台，开展技术方法的研究、整合为主，逐步向以高通量的蛋白质组研究技术平台为基础。一批与重大疾病和重要生物功能相关的蛋白质组研究已经取得明显进展,一批高质量的研究论文先后在国际蛋白质组学领域的《自然》等刊物上发表。
蛋白质相互作用、大规模ORF克隆、高通量的质谱分析、大规模测序技术、功能研究、生物信息学、抗体中心等技术和平台逐步建立和完善。我国独立主持国际“人类肝脏蛋白质组计划”，参加国际人类蛋白质组研究计划中的“大规模抗体制备”项目。
