随着结构基因组的发展，对结构进行分析，预测，注释的工具的应用和发展越来越重要了。在这篇review中作者从四个方面介绍了这个领域近来的发展：特异的结构比对（specifically structure alignment），进化距离远的同源及类似蛋白的检测（detection of remote homologs and analogs），同源建模（homology modeling）和从结构预测功能（use of structures to predict function）。作者还对结构基因组的各种理论进行了探讨，包括基于结构的序列空间聚类和基因组范围的功能识别等。
