科学家测出了伤寒致病菌的基因组序列,他们说这一举措可能改善这种疾病的诊断和追踪,而且可能帮助新的疫苗接种策略。
每年大约有60万人死于伤寒,它会导致10%到30%的未经治疗的感染者的死亡。尽管该病可以通过疫苗接种和抗生素加以控制,由于抗生素耐药性, 它还在持续存在,特别是在东南亚地区。
由英国威康基金会桑格研究所领导的一个国际研究团队对从10个国家分离出的19种伤寒沙门氏菌进行了测序。他们发现该细菌的基因组自从约1.5万年前出现之后进化得很少。
这组科学家说这与伤寒沙门氏菌正在成为只能感染人类的感染因子的情况一致,无症状携带者是主要的感染源。这意味着它可以通过免疫接种加以防控——而且伤寒有可能被根除。
测出伤寒沙门氏菌的序列意味着如今可以从现场进行分类,从而确定导致伤寒暴发的菌株类型。这可以让科学家发现在特定群体中传播该病的生物个体,这与“Google地球”地图联合使用可以展示暴发的情况。
这组科学家希望这种测绘可以用于进行更成功的免疫接种运动。该研究的主要作者、威康基金会桑格研究所的Gordon Dougan告诉本网站说,这种测绘可能用于研究伤寒和霍乱等困扰了人类数世纪的疾病。他还说,可以在现场实时研究单个病毒、细菌或整个种群。
Dougan指出,“新的技术让我们可以看到伤寒沙门氏菌等生物DNA中的进化痕迹。”
他还说,特别是在发展中国家,这种测绘技术将彻底革新诸如监测以及控制伤寒等疾病的免疫接种项目等等公共卫生手段。
他说发展中国家的科学家可以很容易地获取这种测绘技术,他们可以通过桑格研究所的开放获取政策利用该研究所的数据库。(生物谷Bioon.com)
生物谷推荐原始出处:
Nature Genetics 40, 987 - 993 (2008) Published online: 27 July 2008 | doi:10.1038/ng.195
High-throughput sequencing provides insights into genome variation and evolution in Salmonella Typhi
Kathryn E Holt1, Julian Parkhill1, Camila J Mazzoni2,3, Philippe Roumagnac3,4, François-Xavier Weill5, Ian Goodhead1,8, Richard Rance1, Stephen Baker1,6, Duncan J Maskell7, John Wain1, Christiane Dolecek6, Mark Achtman2,3 & Gordon Dougan1
Abstract
Isolates of Salmonella enterica serovar Typhi (Typhi), a human-restricted bacterial pathogen that causes typhoid, show limited genetic variation. We generated whole-genome sequences for 19 Typhi isolates using 454 (Roche) and Solexa (Illumina) technologies. Isolates, including the previously sequenced CT18 and Ty2 isolates, were selected to represent major nodes in the phylogenetic tree. Comparative analysis showed little evidence of purifying selection, antigenic variation or recombination between isolates. Rather, evolution in the Typhi population seems to be characterized by ongoing loss of gene function, consistent with a small effective population size. The lack of evidence for antigenic variation driven by immune selection is in contrast to strong adaptive selection for mutations conferring antibiotic resistance in Typhi. The observed patterns of genetic isolation and drift are consistent with the proposed key role of asymptomatic carriers of Typhi as the main reservoir of this pathogen, highlighting the need for identification and treatment of carriers.