基因调节所发生的变化被认为是形态演化的核心，但这种变化的分子基础仍然不清楚。现在，对1500万年前出现在Drosophila biarmipes种系中的一个翼斑的遗传所做的分析，反映了这一雄性色斑图案（在配偶选择中很可能是一个因素）是怎样通过Engrailed蛋白的结合点的出现来演化的。Engrailed蛋白是深度保留的转录因子，涉及节肢动物形体的形成。这样便形成了一个跨越演化时间的变化“处方”：调节DNA序列的随机突变生成潜在的结合点。如果一个新的结合点被一个现有转录因子识别出来，基因表达的变化就可能会出现，而且如果条件允许，新的形态特征就会出现。
