日本现在保存的微生物约为20万株，动物细胞约为4000株，动物为1700种系统数，植物遗传资源约为22万种。
直到2000年，日本由各省厅分别建立的一些主要的种质资源中心有：
（1） 科技厅（2001年与文部省合并为文部科学省）。理化学研究所：高等动植物细胞、基因、微生物的保存、系统收集及分发；日本原子能研究所：核放射种质资源；
（2）文部省（2001年与文部省合并为文部科学省）。学术标本、生物遗传基因、高精度实验动物中心；
（3）厚生省（2001年改为厚生劳动省）。人类科学振兴财团：人及动物的细胞、遗传基因收集；
（4）农林水产省。动物、植物、微生物、林业、水产有关的生物遗传资源分类、特性评价、增值、保存、分发；DNA信息中心、DNA银行；
（5）通产省（2001年改为经济产业省）。生物资源情报解析中心：蛋白质解析，微生物的寄放、分发。
为了保护本国的种质资源，日本制定了生物资源保护战略，制定了2010年的保护目标，其中微生物约为60万种，动物细胞约为3万种，动物约为4000种，植物遗传资源约为60万种。为此，日本将采取相关措施。
（一）确保和评价建设生物遗传资源所需要的人才
生物遗传资源销售机构在开展资源的分类、收集、保存和销售业务时，需要掌握分类学、生理学等知识的专业人才。同时，参与全球范围生物多样性信息机构(GBIF)、生物分类学起源(GTI)等国际组织，将生物遗传资源信息电子化和网络化都需要相应的人才。发生涉及知识产权、生物多样性条约、植物防疫的纠纷时，也需要具有相应的专业知识的人才。但是，与尖端性的研究业务相比，这些业务难以被评价。在大学里，随着分类学等学科地位的相对下降，分类学讲座愈来愈少。因此，要确保相关人才变得越来越困难。为了解决人才不足的问题，需采取以下对策：
(1)完善与分类学、生理学、信息学和知识产权相关的法令及生物多样性条约，加强植物防疫和动物传染病等领域的培训和教育，同时增加相应的经费。多家生物遗传资源销售机构可以通过合作，建立共同的培训和教育体制，减轻各机构的负担，并对有效地完善培训和教育体制进行讨论。
(2)建立评价体系，对于有关生物遗传资源分类的研究，保存技术和特殊评价技术的开发，收集、保存和销售等业务及其相应的贡献大小进行评价。
(3)可以让从事生命科学领域研发的企业人员开展生物遗传资源的保存和销售业务。
(4)对于引进与生物遗传资源销售机构的业务所对应的能力认定制度(分类学、生理学、知识产权法等各学科的能力认定)进行讨论。
（二）生物遗传资源的收集和保存
在收集和保存生物遗传资源时，需要注意以下几点：
(1)各生物遗传资源销售机构通过合作，以其各自擅长的领域和具有国际竞争力的领域为中心，在减少重复投资的前提下，按照战略方针进行收集和保存。
(2)为了防止生物遗传资源因灾害或事故等大量流失，要确立后备体制。
(3)根据生物遗传资源保存的现状和收集方针，确保各生物遗传资源销售机构用于分类、特性评价、质量维护的经费，并完善保存资源所需的设施。
(4)为了提高生物遗传资源及其销售机构的信用度，各销售机构要针对生物遗传资源特性，制定质量管理标准。
(5)增加各项研发经费，如有关生物遗传资源分类研究的经费、开发保存技术和特性评价技术的经费等。
(6)为了将被用于分析和评价的生物遗传资源，作为对照试验或试验评价时的标准，广泛用于研发，需要在推进收集和研发的同时，考虑标准化的问题。
（三）生物遗传资源信息的电子化、数据库化及其发送
在将生物遗传资源作为知识基础进行整备时，必须将生物遗传资源信息电子化、数据库化，做成可以广泛应用的信息。而且，各销售机构不仅要面向国内还要面向世界，积极地发送高质量的生物遗传资源信息，从而实现全世界资源共享等构想。否则，日本可能会从全球性的生物遗传资源信息共享体制中孤立出来。各销售机构不仅要将各自负责的生物遗传资源群归类，还要增加可以检索、分析和销售生物遗传资源的功能，以满足使用者的需求。
