华盛顿大学医学院的一项研究表明细菌使用DNA的时间和位置与它含有什么样的DNA一样重要。研究人员发现两个细菌个体在使用一个与掌管细菌对一种抗生素抗性的基因上存在明显的差异。这种差异改变了细菌的“生活方式”，或者叫做他们在不同环境中的存活能力。这项研究公布在2004年11月29日的Proceedings of the National Academy of Science的网络版上，并且将会出现在12月7日的印刷版上。
沙门氏菌是导致食物中毒的一个重要原因，而大肠杆菌也能引发疾病，但通常有利于人类的消化系统。最新的这项研究中，研究人员对这两种细菌进行了调查分析。这两种细菌在遗传上很接近。Groisman领导的研究组先前集中研究了所含基因的差异如何使沙门氏菌能够持久保持致病性。他在这种细菌的致病岛中确定了若干区域。在完成这两种细菌的基因图谱后，研究的重心就转移到了不同细菌对相同基因的利用方式研究。
沙门氏菌和大肠杆菌具有一个编码一种抗生素抗性调节蛋白PmrA的相同基因。通过控制其它蛋白的制造时间，PmrA能够使细胞壁对抗生素多粘菌素B的抵抗力增强。PmrA蛋白通常在高的铁离子水平下有活性。
在新研究中，Groisman的实验室发现另一种叫做PmrD的蛋白也能在低的镁离子水平下活化PmrA。研究人员发现大肠杆菌具有不同版本的PmrD，这种蛋白在低镁情况下不能活化PmrA蛋白。当他们将沙门氏菌的PmrD移植到大肠杆菌中时，大肠杆菌获得了在低镁环境下抵御多粘菌素B的能力。Groisman因此怀疑细菌生活方式的其它方面也可能受到相同基因的调节差异的影响。他的这种想法来自近期的人类基因组分析结果。
研究人员认为，除了携带制造蛋白的指令，DNA还含有一些能够影响基因开启、关闭时间的密码。随着生命在不断的进化过程中变得越来越复杂，这些调节性的片断占据了DNA的较大部分，这就使得基因表达的调节变得非常复杂并与环境和其它因子有着千丝万缕的联系。而这项研究结果表明相同基因的表达差异则可能促进新的针对致病微生物的疗法的发展。
