肠道微生物对Crohn病（CD）发病初期和慢性Crohn病的影响长期受到质疑。然而对如此复杂的生态系统的研究是很困难的。科学家们首次采用了宏基因组学的方法全面研究肠道微生物的多样性。他们从六个正常人和六个CD或者的粪便样本中抽提基因组DNA，使用fosmid载体构建了两个基因组库，这两个库分别由25000个克隆组成。细菌多样性通过DNA杂交筛选两个库中的16s rRNA。在选中的1190个克隆中，一共鉴别到了125个非冗余核糖分型，主要代表了拟杆菌门和硬壁菌门。在属于硬壁菌门的这些核糖分型中，43种存在于健康人的粪便中小生物群中，而仅有13个存在于CD患者(p<0.025)。直接用荧光原位杂交的方法分别杂交粪便样本中的16S rRAN（n=12）能够进一步证实在CD患者的小生物群中这些细菌比例的降低(p<0.02)。运用宏基因组方法，科学家们发现CD病人粪便样本中硬壁菌门细菌复杂性的降低是CD病的一个特征。同时，这种方法也提示还有新的细菌种类的存在。
什么是Crohn病
Crohn病过去又称局限性肠炎、节段性肠炎或肉芽肿性小肠结肠炎，是病因未明的胃肠道慢性炎性肉芽肿性疾病，本病和溃疡性结肠炎统称为炎症性肠病（inflammatory bowel disease, IBD）。病变多见于末段回肠和邻近结肠，但从口腔至肛门各段均可受累，常呈节段分布。临床以腹痛、腹泻、腹块、瘘管形成和肠梗阻为特点，可伴有发热、贫血及关节、皮肤、眼、口腔、肝脏等肠外损害。本病欧美多见。
临床可分活动期与缓解期，缓解期基本无症状。世界卫生组织医学科学国际组织委员会认为急性型末端回肠炎绝大多数为革兰氏阴性的yersinia，enterocolitica菌引起，不是克罗恩病，故不主张沿用急性、慢性的分类法。
按临床表现及症状特征可有如下类型：
(1)急性阑尾炎型 右下腹急性腹痛，可有腹泻与低热，右下腹压痛，但压痛部位较广泛，易扪及包块，病程较长。
(2)肠梗阻型 腹部阵发性绞痛、呕吐、肠鸣音增加，但病程较长，病情较轻，可触及包块。
(3)腹膜炎型 由于肠穿孔或肠壁炎症累及腹膜所致。表现为腹部剧痛、腹肌紧张、肠鸣音减弱、腹部压痛及反跳痛。但起病较缓，病情不如其他内脏穿孔凶猛和严重。
(4)肠炎型 以腹泻为主要症状时，常与各种肠道感染所致的肠炎极为相似，但粘液血便及里急后重症状极少见。
(5)腹块型 由于肠袢间粘连或肠管与腹膜、腹壁粘连而形成团块。症状以腹部触及包块为主，多为右下腹，病程较长。
按病情程度又可分轻、中、重三型。轻型无全身症状或有极轻微的全身症状。中型界于轻型与重型之间。重型腹痛、腹泻明显，每日多次粘液便、水样便；伴明显的发热、脉速等全身症状；血沉加快。
按临床过程分复发缓解型：反复发作，病情活动与缓解交替，时间长短不一，此型多见；慢性持续型：症状持续达半年以上，无明显缓解，病变范围广；暴发型：极少见，急性起病，临床上酷似急腹症，如急性阑尾炎、急性肠梗阻等表现；单次发作型：既往无类似症状发作史，只有一次发作，如再发作即成为复发缓解型。
X线表现 病变呈跳跃分布。X线上的特征是：①肠管狭窄，X线上呈线样征，长短不一，宽窄不等，此因肠管增厚、收缩所致。②病变肠段间有正常肠曲，即所谓跳跃现象。③病变肠段轮廓不对称：一侧僵硬凹陷，相对侧肠轮廓外膨，并有假憩室样囊带状轮廓。④多发结节样切迹及鹅卵石征，前者为肠粘膜下水肿和炎症造成，切迹间为尖刺状钡滞留影，轮廓不规则，比较狭细。而卵石征是由于纵横交错的裂隙状溃疡围绕以水肿的粘膜形成，弥漫分布于病变肠段。⑤瘘管或窦道钡影。多为发展到晚期的表现，可见肠间瘘管、肠壁瘘管，或通向腹腔或腹膜外窦道。
内镜所见 ①纵行的裂隙状溃疡；②周围粘膜正常或呈铺路石样不平；③肠袋消失变平呈水管状、狭窄、假息肉形成；④病灶呈跳跃分布。
组织学诊断 发现非干酪样坏死性肉芽肿及大量淋巴细胞聚集可以确诊。
诊断标准 目前国内尚无统一意见。
1993年6月在太原召开的全国慢性非感染性肠道疾病学术研讨会提出以下意见：
(1)临床诊断标准 根据：①典型症状；②X线特征性改变，CT可显示肠壁增厚的肠袢，盆腔或腹腔的脓肿。③内镜的典型所见，或病变活检有非干酪样坏死性肉芽肿等。
具备①为临床可疑。若同时具备①和②或③项之一，临床可拟诊为本病。
(2)病理诊断标准 1)肠壁和肠系膜淋巴结无干酪样坏死。2)镜下特点：①全壁炎；②裂隙状溃疡；③粘膜下层高度增宽(水肿、淋巴管、血管扩张、纤维组织、淋巴组织增生等所致)；④淋巴细胞聚集；⑤结节病样肉芽肿，亦称非干酪样坏死性肉芽肿。
确诊：具备1)和2)项中任何4点可确诊。基本具备病理诊断条件但无肠系膜淋巴结标本者为可疑。
世界卫生组织制定的诊断标准
①非连续性或区域性肠道病变；②肠粘膜呈铺路卵石样表现或有纵行溃疡；③全层性炎性肠道病变，伴有肿块或狭窄；④结节病样非干酪性肉芽肿；⑤裂沟或瘘管；⑥肛门病变，有难治性溃疡、肛瘘或肛裂。
凡具备上述①②③者为疑诊；再加上④⑤⑥之一者可以确诊；如具有④，再加上①②③中的二项者，也可确诊。确诊的病人均须排除有关疾病。
判断病情活动的标准 目前国际上计算克罗思病病情活动指数的方法，较普遍采用的为两种：
一、美国克罗恩病协作组根据病情的8个变数计算积分，得出克罗恩病活动指数(Crohn's disease activity index，CDAl)。
美国克罗恩病协作组活动指数(CDAI)计算方法
(1)稀便次数 7天总和×2
(2)腹痛(0＝无 1＝轻 2＝中 3＝重 4＝极重) 7天总和×5
(3)全身健康(0＝好 l＝较差 2＝差 3＝很差 4＝极差) 7天总和×7
(4)下列几种情况(每个1分) 总分之和×20
1)关节痛/关节炎
2)虹膜炎/色素膜炎
3)结节红斑/坏疽性脓皮病／口疮性溃疡
4)肛裂/肛瘘/脓肿
5)其他瘘管
6)过去1周内体温＞38℃
(5)腹泻要服苯乙哌啶/阿片类 (0＝无 1＝有) ×30
(6)腹块 (0＝无 2＝可疑 5＝肯定) ×10
(7)红细胞比容 男：47-患者的红细胞比容＝——— ×6
女：42-患者的红细胞比容＝——— ×6
(8)体重：低于标准体重的百分数 ×1
CDAI小于150为静止期，大于150为活动期，大于450为极严重。这一计算方法较复杂，有些症状积分不够准确。
二、Walkinson和Truelove两位学者提出的计算积分方法，他们的研究组织全称为International Organization for the Study of IBD，称简IOIBD。计算方法采取10个变数的总和，每个变数为1分，以计算本病的活动指数，0或l以下为静止期，大于2为活动期，大于5为重度。10个变数如下：
①腹痛；②腹泻≥6次／d或有粘液血便；③肛周并发症；④瘘管；⑤其他并发症；⑥腹部包块；⑦消瘦或体重减轻；⑧体温＞38℃；⑨腹部压痛；⑩血红蛋白＜100g/L。
