微生物学报Acta Microbiologica Sinica 48(10)：1295~1300; 4 October 2008
游动双孢菌线型质粒pPR2的全序列测定及分析
杨勇，覃重军*
(中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所，上海 200032)
摘要：【目的】获得游动双孢菌线型质粒pPR2的全序列，并揭示新型的端粒复制蛋白和可能的中间复制位点。【方法】用分段克隆的方法和序列拼接获得pPR2的全序列，利用软件分析端粒DNA的二级结构和可能的端粒复制蛋白，利用链霉菌原生质体转化的方法检测可能的中间复制的位点。【结果】pPR2全长为15520 bp，（G+C）含量为68.1%。其端粒末端反向重复序列的长度为329 bp，不能像多数链霉菌的线型质粒那样能形成保守的"折返"的二级结构。pPR2虽然没有参与链霉菌端粒复制的保守的tap/tpg基因，但是pPR2.3c基因编码了一个双结构域蛋白，分别同链霉菌的端粒复制相关蛋白Tap和嗜血杆菌的解旋酶具有相似性。pPR2缺少典型的链霉菌重复序列-复制基因（iteron-rep）区段，将几乎覆盖全长pPR2的两段DNA进行克隆后，不能转化变铅青链霉菌。此外，pPR2基因还编码可能参与线型DNA复制的调控的单链结合蛋白（SSB）和与放线菌质粒接合转移相关的主要蛋白(Tra)。【结论】pPR2是链霉菌之外的放线菌中最小的线型质粒，其序列在游动双孢菌属的线型质粒中是首次报道。pPR2可能具有新型的端粒复制的机制，其中pPR2.2c和pPR2.3c编码可能的端粒复制蛋白。
关键词：游动双孢菌；线型质粒；全序列；端粒；复制
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