最近有两篇论文指出，过去观察到的干细胞于体内的分化现象可能只是来自于这些干细胞与体内一般的细胞融合而成。这使得成体的干细胞有能力分化成为各种不同的组织此种理论遭到重大质疑，且暗示了干细胞作为治疗手段时对健康影响的不确定性。
近期有许多报告指出，从一个组织中取出的干细胞有能力分化为其它组织的细胞。例如造血干细胞可能可以分化为神经细胞、肌肉细胞、心肌细胞等。科学界也对这些现象可能带来的修复受损器官的医疗潜力非常感兴趣。
然而根据最新的证据显示，这些观察到的分化现象，可能只是来自于干细胞和体细胞融合，产生了带有干细胞分子标志的体细胞，使得科学家误以为是干细胞分化成了体细胞。例如在Ying, Q-L的报告中指出，将带有GFP的脑细胞和胚胎干细胞一同培养，结果竟然观察到了带有GFP的胚胎干细胞，且这些细胞为四倍体，证实了融合的存在。
不过虽然证明了融合的现象存在，但目前仍不知道这种现象在过去观察到的干细胞分化现象中占多重要的地位。
然而，由于这些融合后的细胞带有四套染色体且对个体健康的影响不明，因此这些结果也对那些想要将干细胞的潜力用于治疗的人提出了一项警告：在真正应用于临床以前，对干细胞的安全性问题还需要更多研究
