2013年3月18日，北京生命科学研究所叶克穷实验室在《RNA》杂志在线发表题为“Structural and functional analysis of the U3 snoRNA binding protein Rrp9”的论文。
核糖体是翻译蛋白质的巨大的RNA蛋白质复合物。在真核生物中，核糖体的合成需要一套非常复杂的保守的系统，它包括约200个蛋白质组装因子和很多定位在核仁里的snoRNA。有一类C/D snoRNA主要参与核糖体RNA的修饰。U3是特殊的C/D snoRNA，它和18S核糖体RNA的加工和核糖体小亚基的合成有关。Ｃ/D snoRNA通常和四个核心蛋白质结合形成复合物，但U3还和蛋白质Rrp9结合。Rrp9包括一个WD 结构域和一段Ｎ端序列。WD 结构域是个典型的蛋白质结合结构域，有趣的是Rrp9的WD 结构域却结合RNA。目前还不清楚Rrp9如何识别U3 RNA。
在这个工作中，作者利用蛋白质晶体学，生物化学和酵母系统分析了Rrp9的结构和功能。他们解析了Rrp9 WD结构域的晶体结构，发现它折叠成典型的７片螺旋浆结构。通过突变分析，他们发现Rrp9用来结合RNA的一个重要结构元件，该元件是U3 的特异识别，Rrp9在核仁的定位以及酵母生长所必须的。他们还发现Rrp9的Ｎ端序列包括一个特殊的二元核定位信号，但该信号对于核仁的定位并不是必须的。这些研究揭示了Rrp9的多个功能位点。
论文的第一作者是我所和北京协和医学院联合培养的博士研究生张丽漫。林金钟博士也参与了此研究工作。叶克穷博士是本文通讯作者。此项研究受中国科技部和北京市科委资助，在北京生命科学研究所完成。（生物谷Bioon.com）
doi:10.1261/rna.037580.112
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Structural and functional analysis of the U3 snoRNA binding protein Rrp9.
Zhang L, Lin J, Ye K.
The U3 snoRNA is required for 18S rRNA processing and small subunit ribosome formation in eukaryotes. Different from other box C/D snoRNAs, U3 contains an extra 5' domain that pairs with pre-rRNA and a unique B/C motif essential for recruitment of the U3-specific Rrp9 protein. Here, we analyze the structure and function of Rrp9 with crystallographic, biochemical, and cellular approaches. Rrp9 is composed of a WD repeat domain and an N-terminal region. The crystal structures of the WD domain of yeast Rrp9 and its human ortholog U3-55K were determined, revealing a typical seven-bladed propeller fold. Several conserved surface patches on the WD domain were identified, and their function in RNP assembly and yeast growth were analyzed by mutagenesis. Prior association of Snu13 with the B/C motif was found to enhance the specific binding of the WD domain. We show that a conserved 7bc loop is crucial for specific recognition of U3, nucleolar localization of Rrp9, and yeast growth. In addition, we show that the N-terminal region of Rrp9 contains a bipartite nuclear localization signal that is dispensable for nucleolar localization. Our results provide insight into the functional sites of Rrp9.
