方式可以使互补的RNA序列失去活性，从而阻止互补RNA将遗传信号转化为蛋白质。通过系统地抑制特异RNA分子，然后激活Hedgehog通路，研究人员就可以查明一个基因是否是该通路执行功能所必需的。如果中断一个给定基因会引起与异常Hedgehog通路信号传导有关的细胞或解剖学缺陷，就证明这个基因是该通路一个关键组成。如左图所示，在果蝇胚胎中，Hedgehog通路的正常模式被RNAi抑制，产生了一连串的基因过量表达。
对11个已知是Hedgehog通路或相关的发育通路Wingless的成员基因进行检测，证实该技术能够准确识别出Hedgehog基因。当研究小组利用RNAi技术筛选5700个基因时，他们发现了4个Hedgehog基因新成员。将靶向4个基因之一的RNAi导入果蝇胚胎中，胚胎出现严重的Hedgehog通路相关缺陷，如机体组织的不正确排列等。研究人员怀疑其中一个基因是正常情况下阻断Hedgehog通路在人体中的活性的肿瘤抑制基因。
研究人员承认，他们才刚刚开始意识到RNAi破译细胞内各个复杂而重叠交错的枢纽具有多么大的威力。“这是进行遗传学研究的一条新途径。”波士顿化佛医学院的Norbert Perrimon说。 Perrimon预言，RNAi将会帮助研究人员描绘出更全面的细胞内部工作机制。
