应用于识别启动子区域的序列比对内核函数

本文提出了一种新的识别原核生物转录起始位点的方法。这种方法基于序列比对内核函数，这种函数可以表示两条序列进行比对时的匹配程度。这种内核函数还可用于双支持变量机制(Dual SVM)来对起始位点进行识别。许多识别的方法仅仅使用正的数据包进行训练和测试，本文同时使用正的和负的数据包（包括编码区和非编码区的数据）对该识别方法进行训练和测试。结果显示该方法十分有效，在使用正的数据包和编码区的负数据包时，平均错误率为16.5％，而使用正的数据包和非编码区的负数据包时，平均错误率为18.6％。