随着质谱技术的日益成熟，MS在蛋白质组研究方面的应用已经越来越广泛。当大量的蛋白通过2D-gel电泳分离后，质谱技术在识别每个蛋白的真实身份起到越来越重要的作用。最普遍的质谱蛋白识别技术被称为Peptide mass fingerprint，这种技术主要被用于通过2D-gel电泳分离的蛋白，经过特异性氨基酸识别位点的蛋白酶切后，产生的多肽片断通过质谱测定其分子量，那么就可以利用这些多肽的分子量同蛋白质公共数据库中的所有蛋白，在计算机上经过同样特异性蛋白酶切后，产生的多肽的理论计算得的分子量进行比较，获得一系列的最佳的匹配的蛋白质，缩小蛋白识别的范围，从而最终可能获得一致的蛋白质。
本文介绍了如何通过从质谱所获得的多肽信息来进行蛋白质识别。这篇文章描述了利用贝叶斯算法，通过建立理论蛋白质酶切的多肽数据库以及相应的蛋白质搜索引擎，进行蛋白质识别。
