关于第三只眼的说法由来已久，在东方的许多宗教仪式上，人们习惯在双眉之间画上第三只眼，认为这样便可获得与宇宙进行直接交流的通道。古希腊哲学家认为，第三只眼位于大脑中心部位，将其比喻为宇宙能量进入人体的闸门。直至今日，现代医学对第三只眼的研究也从未停止过。不久前，俄罗斯《总结》周刊的一篇文章对“第三只眼”作了详尽报道。
古人类学家别洛夫认为，这一器官退化痕迹残留在大脑半球下。“退化的眼睛”与松果体类似，是一个不大的非对称器官。
第三只眼出现在胚胎发育两个月时，即晶体、感光器和间脑区域的神经细胞形成阶段。奇怪的是，它刚一出现，马上就开始退化。著名的海克尔生物基因定律为此提供了最有力的证据。根据这一定律，胚胎在很短的时期内会经历其所属物种的整个进化史。即人类在胚胎时期能够出现我们的先祖所具备的某些形态特征。人类学家认为，人体的某个器官会发生退化，然后便不复存在。从古代两栖动物的进化中可以发现它们同样伴有退化。新西兰的斑点楔齿蜥已经存在了2亿年，它的颅骨上有很小的眼眶，在一层透明的膜下隐藏着一只真正的眼睛。古生物学家发现，许多灭绝的爬行动物头顶都有眼睛，它是这些动物视觉器官的重要补充。正是因为具有这一独特的器官，爬行动物才对地震、磁暴和火山爆发等自然灾害非常敏感。
动物的第三只眼确实能够物尽其用，而且还可以保护自身安全，但人要它来做什么呢？
别洛夫认为，先知者眼前出现的画面，正是松果体作用的结果。大脑将宇宙中的能量汇集起来，而身体与地面振荡保持一致。所以，松果体能够从宇宙获得超凡的想象力，将其化作神经冲动，到达丘脑下部。然后，这些信号随着神经进入视网膜，视网膜上便出现虚拟的图像，同时，图像以神经冲动的形式继续传入大脑的视觉皮层，产生意识。未卜先知的画面通常是闭眼而非睁眼时出现的。未卜先知的能力应该是在我们的祖先失去了头顶上的眼睛后，作为对这一消失器官的补偿而出现的。
别洛夫认为，祭司充分利用了这一退化器官。为发挥第三只眼的功能，他们用钻石做头饰，在宗教仪式时佩戴。或许，宇宙的神秘能量正是通过宝石透明剔透的结构，以光束的形式汇聚到头顶。电磁波到达松果体并作用于其组织，水晶起的作用与晶体类似，只是它吸收的并非普通光线，而是宇宙能量。在宗教仪式上中，祭司正是借助人为的第三只眼，洞悉一切。
在旧石器时代末期，一些宗教学说的信徒通常会被施以脑颅环锯术，他们的头顶会被挖出不同形状的洞。环锯术的被施予者都是祭司的候选人，不知这是不是为了减轻宇宙神秘能量进入松果体的难度。
松果体是否是第三只眼睛，它是否具有特殊功能目前尚无定论。
圣彼得堡的生物学专家对松果体进行了研究。他们发现这种神秘腺体在性成熟前发挥着重要的作用，随后它的作用形式发生了变化。因此学术界一直认为，它跟阑尾一样毫无用处。但俄罗斯学者发现它在不同时期都发挥着积极作用。其组成细胞类似视网膜的色素细胞，有能够分泌激发肌体活性的血清素和具有镇静作用的褪黑激素，两者的分泌量也是相当恒定的。人到了另一个时区作息会失调，身体机能会发生暂时紊乱，正是松果体在捣乱。
古代曾经有能量中心之说，这一中心很早就被冠以第三只眼之名，因为它能够接收和反映出具体的图像，看来古人的结论不无道理。
