小RNA在动物和其它真核细胞中发挥重要的基因调节作用。最近，来自 Whitehead 生物医学研究所、霍华德休斯医学研究所、麻省和霍华德Broad研究所的研究人员，利用高通量测序技术彻底地对已知的秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）约40万小RNA进行了测序。研究结果刊登于最新一期《CELL》封面。
除了出18个microRNA(miRNA)，使在线虫中检测到的miRNA数量上升到112个外，还发现了上千种内源性siRNA，这些siRNA由RNA指导的RNA聚合酶（RNA-directed RNA polymerases）作用于与精子发生和转位子有关的转录本（transcripts）产生。
第三大突破是发现了第三种线虫类（nematode）小RNA——21U-RNAs。21U-RNAs被精确限定于21个核苷长度，有共同的uridine 5′-monophosphate起始端，其它20个核苷酸不同，3′核糖被修饰。21U-RNAs起源于第IV染色体两个broad regions上的分布的5700多个基因座中——主要位于蛋白编码基因之间或者是内含子中。这些基因座有相同的上游基序（motif），有助于精确寻找21U-RNAs。这些基序在线虫类进化过程中比较保守，可能是因为它们在产生差异、自我表达的小RNA（diverse, autonomously expressed, small RNAs ，dasRNAs）过程中有重要作用。
麻省理工Phillip Sharp教授说这项研究的重大意义勿庸置疑，“过去的30年中我们没有对非编码RNA给予足够重视，这是原则性错误，RNA干扰和microRNAs告诉我们20个核苷左右的小RNA，包含了足够多的信息，有助于特异的基因调控。”
Bartel实验室前博士后Scott Baskerville说“这次发现进一步证实我们还没有完全弄清RNA的功能，利用相同的测略（深度测序）在其它物种中寻找新型小RNA将是一件很有意思的事情。”
多年来，Bartel小组致力于对线虫的RNA进行系统性普查。2001年，他们利用传统的Sanger测序法对330个小RNA进行测序，鉴别出55个microRNAs；2003年，利用深度测序法（deeper sequencing effort）进行后续实验，阅读4000小RNA，又获得了40个microRNAs；最近一次是采用454公司大规模焦磷酸测序系统（massively parallel pyrosequencing system）对400，000个小RNA（包括18个新的microRNAs）测序。
“我们知道一定存在未经测序的microRNAs，但不知道有多少，”Bartel说。他发现的一个被遗漏的microRNAs是lsy-6，只是被分离出来，但没经过测序。尽管lsy-6只是表达在线虫的少数几个细胞种，但表达量是那些在所有细胞都表达的microRNA的十万倍。
利用上游基序为指导，Bartel推测线虫基因组中大约有12，000个21U-RNA基因座。“如果把这些基因座作为基因，那么线虫中的基因数量会翻倍。”奇怪的是，尽管这些基因的基因座在C. elegans和C. briggsae是保守的，但是它们的转录体序列并不保守。“好像是进化过程加大了这些小RNA之间的差异，而不是加大了它们的保守性。”
一个公开的问题是21U-RNAs的功能，尽管它们在C. elegans 和C. briggsae之间序列并不保守，但是Bartel推测它们仍保留了通过影响组蛋白的分布，控制局部染色体结构和基因表达。其它问题还包括：用于21U-RNAs合成的聚合酶是哪种？合成的机制是怎样的？Bartel透露其目前正在和2006年诺贝尔奖获得者、马萨诸塞州立大学医学中心Craig Mello 合作，验证RNAi造成的突变线虫中， 21U-RNA产物是否有缺陷。
