20多年前，Rich Jorgensen和同事在对矮牵牛(petunias)进行的研究的时候发现：将一个能产生色素的基因置于一个强启动子后，导入矮脚牵牛中，试图加深花朵的紫颜色，结果没看到期待中的深紫色花朵，多数花成了花斑的甚至白的。Jorgensen将这种现象命名为协同抑制(cosuppression)，因为导入的基因和其相似的内源基因同时都被抑制。刚开始这被认为是矮牵牛特有的怪现象，后来发现在其他许多植物中，甚至在真菌中也有类似的现象。
2001年，Tuschl通过siRNA（small interfering RNA ）在哺乳动物细胞中成功地诱导了RNAi ，没有引起翻译抑制和细胞凋亡。他们通过转染连续表达RNAi 的载体进入哺乳动物细胞，这些载体被设计成能够表达小发夹RNAi（short hairpin RNAs,shRNA）的载体。通过表达，shRNA形成3'端带有UU的发夹状结构。随后shRNA的末端被加工使shRNA形成类似于21nt大小的siRNA分子。这个类似于siRNA的分子在转染的哺乳动物细胞内就能够引起RNAi 。他们通过PCR技术合成发夹结构的siRNA,(1)构建与目的基因互补的单链RNA，然后并在同一条链上构建与单链RNA互补的碱基序列，中间用一些尿嘧啶核苷酸（U）将他们隔开。(2)将这个构建好的单链RNA进行退火，互补区域会相互吸引形成发夹结构的siRNA。
1995年康乃尔大学的研究人员Guo和Kemphues尝试用反义RNA去阻断par1基因的表达以探讨该基因的功能，结果反义RNA的确能够阻断par1基因的表达，但是，注入作为对照的正义链RNA，也同样阻断了基因的表达。3年后，华盛顿卡耐基研究院的Andrew Fire和马萨诸塞大学癌症中心的Craig Mello将双链dsRNG—正义链和反义链的混合物注入线虫，结果诱发了比单独注射正义链或者反义链都要强得多的基因沉默。后来的实验表明在线虫中注入双链RNA不单可以阻断整个线虫的同源基因表达，还会导致其第一代子代的同源基因沉默。这种现象后来被称为RNA干扰。在随后的短短一年中，RNAi现象被广泛地发现于真菌、拟南芥、水螅、涡虫、锥虫、斑马鱼等大多数真核生物中。这种存在揭示了RNAi很可能是出现于生命进化的早期阶段。随着研究的不断深入，RNAi的机制正在被逐步阐明，而同时作为功能基因组学研究领域中的有力工具，RNAi也越来越为人们所重视。
2006年度诺贝尔生理学或医学奖授予两名美国科学安德鲁·法尔和克雷格·梅洛，表彰他们发现了RNA干扰现象。
