由中国科学院昆明动物研究所、深圳华大基因研究院、西南大学、上海肿瘤所等合作的研究成果“家蚕基因组甲基化谱”，5月2日在国际著名学术杂志《自然—生物技术》（Nature Biotechnology）上发表，这是中国科学家在家蚕基因组研究领域取得的又一项重要成果。
作为表观遗传学的一种重要标记，DNA甲基化在基因组防御、基因调控等方面都发挥着重要作用。相对于动植物，昆虫甲基化水平很低，其功能也一直存在争议。近年来，随着越来越多昆虫甲基化基因和甲基化酶的报道，昆虫甲基化的功能和生物学意义引起了广泛的兴趣。
最近，中国科学院昆明动物研究所王文研究员领导的马普小组的相辉博士等，与深圳华大基因研究院、西南大学蚕桑学重点实验室以及上海肿瘤所的朱景德研究员小组共同合作，利用新一代测序技术构建了第一张单碱基分辨率的昆虫甲基化谱——家蚕丝腺甲基化谱。
研究发现大约0.11%的基因组胞嘧啶被甲基化修饰，比哺乳动物和植物低至少50倍。甲基化区域主要富集在基因区，并且与基因表达水平成正相关。动植物中被报道发挥重要作用的启动子区、核糖体rDNA区甲基化调控，以及转座子区的甲基化抑制，在昆虫中似乎还不具备。
家蚕甲基化谱的完成不但对理解昆虫表观遗传学调控的提供了重要的参考资料，也为进一步发掘家蚕人工驯化过程中潜在的表观遗传学贡献奠定了研究基础。
（生物谷Bioon.com）
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Science：家蚕基因组测序成功
J.IBMB：家蚕基因组精细图谱绘制完成
PLoS ONE：家蚕miRNA研究获新进展
生物谷推荐原文出处：
Nature Biotechnology DOI:10.1038/nbt.1626
Single base–resolution methylome of the silkworm reveals a sparse epigenomic map
Hui Xiang,Jingde Zhu,Quan Chen,Fangyin Dai,Xin Li,Muwang Li,Hongyu Zhang,Guojie Zhang,Dong Li,Yang Dong,Li Zhao,Ying Lin,Daojun Cheng,Jian Yu,Jinfeng Sun,Xiaoyu Zhou,Kelong Ma,Yinghua He,Yangxing Zhao,Shicheng Guo,Mingzhi Ye,Guangwu Guo,Yingrui Li,Ruiqiang Li,Xiuqing Zhang,Lijia Ma,Karsten Kristiansen,Qiuhong Guo,
Jianhao Jiang,Stephan Beck,Qingyou Xia,Wen Wang& Jun Wang et al.
Epigenetic regulation in insects may have effects on diverse biological processes. Here we survey the methylome of a model insect, the silkworm Bombyx mori, at single-base resolution using Illumina high-throughput bisulfite sequencing (MethylC-Seq). We conservatively estimate that 0.11% of genomic cytosines are methylcytosines, all of which probably occur in CG dinucleotides. CG methylation is substantially enriched in gene bodies and is positively correlated with gene expression levels, suggesting it has a positive role in gene transcription. We find that transposable elements, promoters and ribosomal DNAs are hypomethylated, but in contrast, genomic loci matching small RNAs in gene bodies are densely methylated. This work contributes to our understanding of epigenetics in insects, and in contrast to previous studies of the highly methylated genomes of Arabidopsis1 and human2, demonstrates a strategy for sequencing the epigenomes of organisms such as insects that have low levels of methylation.
