2012年9月2日 讯 /生物谷BIOON/ --当医院内某种疾病暴发的时候，追踪感染源并且控制其传播速度往往显得非常重要，在短期内对细菌全基因组进行测序的技术可以有效追踪细菌性疾病的暴发，传统的技术如遗传指纹，也就是常说的脉冲场凝胶电泳(PFGE)并不能够在疫情诊断的时候确定具体的菌株，而且这种技术相对比较粗糙。近日，来自国立人类基因组研究所的研究人员决定用测序的技术来对菌株进行分辨，研究者Segre说，这是我做过的最有兴趣的工作，如果发生疫情，尽管我们处于危机之中，我们仍可以在短期内找出发病原因。
当来自两位感染病人的序列表现出遗传性上的相似时，这些病人所共有的特性便会被细查出来。当然，如果两个病人的感染并没有遗传上的相似度，那么研究者的调查方法并不会被继续进行下去。在这项研究中，研究者发现最原始的病人可以感染两个人，而受感染的两人中，任意一个都是第二个确证的例子，当然了，这种确证方法并不充足。
这种新型的研究方法可以帮助研究者识别并且根除疾病传染和传播的途径，比如医院的洗涤槽就可以被移除来控制疾病传染的比率。当然了研究者表示，基因组测序并不是对所有的致病菌都可以进行的，比如说结核分枝杆菌，其由于存在紧密的基因组结构，其世代之间的微小差别并不能明显展现出来，因此利用基因组测序并不能对其进行预防。
随着基因组测序设备变得便宜而且高效，因此测序技术将会成为医院感染暴发测定效应的一部分。来自剑桥大学的研究者Sharon表示，这项研究非常不错，其对控制院内疾病暴发将会带来新的阶梯性的改变。相关研究成果刊登在了近日的国际杂志Science Translational Medicine上。（生物谷Bioon.com）
编译自：Genome sequencing used to control hospital infection
doi:10.1126/scitranslmed.3004129
PMC:
PMID:
Tracking a Hospital Outbreak of Carbapenem-Resistant Klebsiella pneumoniae with Whole-Genome Sequencing
Evan S. Snitkin1, Adrian M. Zelazny2, Pamela J. Thomas1, Frida Stock2, NISC Comparative Sequencing Program3, David K. Henderson2, Tara N. Palmore2,* and Julia A. Segre1,*
The Gram-negative bacteria Klebsiella pneumoniae is a major cause of nosocomial infections, primarily among immunocompromised patients. The emergence of strains resistant to carbapenems has left few treatment options, making infection containment critical. In 2011, the U.S. National Institutes of Health Clinical Center experienced an outbreak of carbapenem-resistant K. pneumoniae that affected 18 patients, 11 of whom died. Whole-genome sequencing was performed on K. pneumoniae isolates to gain insight into why the outbreak progressed despite early implementation of infection control procedures. Integrated genomic and epidemiological analysis traced the outbreak to three independent transmissions from a single patient who was discharged 3 weeks before the next case became clinically apparent. Additional genomic comparisons provided evidence for unexpected transmission routes, with subsequent mining of epidemiological data pointing to possible explanations for these transmissions. Our analysis demonstrates that integration of genomic and epidemiological data can yield actionable insights and facilitate the control of nosocomial transmission./P>
